从南京可乘高铁或动车直达虹桥火车站（虹桥火车站离虹桥机场第2航站楼只有15分钟的步行距离；从虹桥火车站乘地铁10号线到虹桥机场第1航站楼也只有5分钟），不用乘到上海火车站再转车这么麻烦。如果你已买好到上海火车站的票，建议你去改签。实在不行的话，从上海火车站乘地铁3号或4号线到虹桥路站，然后转乘地铁10号线到虹桥机场第1航站楼或第2航站楼。
至于到哪个航站楼办理登机，你可以看机票，上面有写虹桥机场T1(即1号航站楼)或虹桥机场T2(即2号航站楼)。或者看一下航班所属的航空公司，春秋航空公司的航班在第1航站楼,其它的均在2航站楼。