南阳医学高等专科学校的组织机构丰富多样，包括6个群团组织：党委办公室、组织部、宣传部、离退休职工工作处、纪委和工会，以及团委等，它们在学校的日常管理和文化建设中发挥着重要作用。
在行政机构方面，学校设有校长办公室，负责学校的行政管理；人事处、教务处、学生处等负责教学和学生事务；实验设备处、计财处、基建处、总务处、保卫处等保障学校的设施运行和安全；对外交流合作处和科研处则负责对外交流和学术研究；招生办则负责招生工作，审计处则负责学校的财务审计。
在教育领域，学校设有13个教学部系，涵盖了临床医学、中医、护理、医学技术、卫生管理等多个专业领域。这些教学部系提供了临床医学、中医医疗、中西医结合等普通专科专业，以及五年制和对口升学等不同升学路径。过渡期间，学校继续保留中专部，设有医、药、护、技等23个专业，为学生提供了多元化的专业选择。
目前，学校的大中专在校生总数达到1.8万人，其中包括2006年新招的6018名学生，以及49名外国留学生，显示出学校在教育上的活力和国际影响力。
南阳医学高等专科学校的前身是创办于1951年的南阳卫校，2004年经国家教育部批准升格。2006年南阳市委、市政府对南阳医学教育资源进行整合，委托南阳医学高等专科学校对南阳中医药学校、南阳理工学院国医国药系（原张仲景国医大学）、南阳市一职专实行“五统一”代管，形成了以西医为主体、中医为特色、中西合璧、优势互补的办学格局。