随著科技的进步，我们已经找出AS的病因，透过萤光原位杂交检定（FISH (fluorescence in situ hybridization)），我们可以发现在第15对染色体长臂之中非常细微的部分发生缺陷。约有70%的AS于15对染色体发生缺损。 第十五对染色体的缺损来自于父母其中一方。AS的缺损被怀疑是第十五对染色体来自母亲的染色体发生缺损。而若十五对染色体中来自父亲的单支染色体发生缺损则形成Prader-Willi syndrome (PWS)。其缺损的部位相近，但外显的表徵迥然不同。
1997年，发现在第有约5%的AS患者在15对染色体的区段UBE3A发生突变。而UBE3A也被认为是AS的主要原因。UBE3A的遗传突变无法在显影下看到缺损的反应，并会在家庭的其他成员见到同样区段的突变情形。UBE3A是一种蛋白质的酵素，与位于所有细胞的细胞质中。在正常的脑中遗传自父亲的UBE3A几乎是钝化的，所以来自母亲的UBE3A便成为脑中主要的UBE3A活化功能。而来自母亲的UBE3A若发生突变，便会导致AS，父亲遗传的UBE3A则不会对孩子产生影响。另外的成因（约2-3%的AS）为paternal uniparental disomy (UPD)，也就是儿童的第十五对染色体的两支染色体都遗传自父亲，而无来自母亲的染色体。虽然这类的AS并无缺损或图变的现象，但仍缺少了UBE3A的基因。（只有来自父亲的brain-inactivated UBE3A ）
第四个成因叫做「铭印缺损」（imprinting defect）。约有3-5%的AS，其第15对染色体来自父亲与母亲，且无缺损与突变的情形。一些AS的染色体在铭印中心（Imprinting center,IC）有很细微的缺损。而IC距UBE3A有相当长的距离，但对UBE3A有确定但上不明朗的影响。同样，IC的缺损有著遗传性，会在其他家庭成员中看到。 这些研究有助于我们了解AS病童中基因的机转，这些机转形成典型的AS病徵，虽然仍有个别的差异性。以下的表格简单说明这些机转的影响。
