明洪武二十年（1387年）在嘉禾里西南端筑“ 厦门城 ”——意寓国家大厦之门，“厦门”之名自此列入史册。康熙二十三年（1684年），设立闽海关厦门口，1685年5月正式对外办公。
乾隆二十二年（1757年），实行广州一口通商，关闭包括厦门口的其他海关。鸦片战争期间，1841年（道光二十一年），英军攻陷厦门，霸占道署，1845年将其拆毁，改建为英国驻厦门领事馆。1863年（同治二年），清朝收回道署旧址。
鸦片战争后，厦门港成为中国最早开放的五个口岸城市之一，来自周边泉州、漳州等地的民众开始涌入厦门，融合了泉州话和漳州话特点的厦门话于此时开始形成。1852年，在厦门设英租界。1902年，鼓浪屿成为公共租界。
鼓浪屿开拓于宋末元初，原名“ 圆沙洲 ”、“ 圆洲仔 ”。明朝改称“鼓浪屿”。郑成功曾以此为军事据点屯兵操练，对抗清兵。目前日光岩上尚存有当时建造的水操台、石寨门故址。
鸦片战争时期，英军曾占领鼓浪屿，直到1845年撤军。1843年后，厦门根据《中英南京条约》开辟为通商口岸。中日甲午战争以后，日本占领台湾，为避免日本进一步觊觎厦门，清朝政府决定请列强“兼护厦门” 。
1902年1月10日（光绪二十七年十二月初一日），英国、美国、德国、法国、西班牙、丹麦、荷兰、瑞挪联盟、日本等9国驻厦门领事与清朝福建省兴泉永道台延年在鼓浪屿日本领事馆签订《厦门鼓浪屿公共地界章程》。
鼓浪屿成为公共租界，次年1月，鼓浪屿公共租界工部局成立。在此前后，陆续有英、美、法、德、日等13个国家先后在岛上设立领事馆。这段时期，有很多传教士来到鼓浪屿，他们建立的学校对中国现代教育有重大影响。
1935年2月7日，国民政府行政院核准厦门设市。4月1日，厦门市政府正式成立，直属福建省政府，厦门市是福建省第一个设市的城市，比省会福州早了11年。1938年5月13日，日军攻占厦门，厦门全岛沦陷。
抗日战争胜利后，民国政府收回鼓浪屿，恢复厦门市政府建制。1949年09月，同安县、厦门市分别解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为福建省辖市。1994年02月，国务院批准厦门市行政级别升格为副省级。