根据上述职责，市财政局设18个内设机构：
（一）办公室
负责机关文电、会务、机要、档案、信访、安全保密、统计、后勤保障、议案建议及提案办理、综合性文稿起草等工作。
（二）人事教育科
负责机关和所属单位的机构编制、目标管理、人事、队伍建设、离退休人员管理与服务等工作；拟定并组织实施全市财政系统教育培训规划。
（三）预算科
分析全市财政预算执行情况，提出平衡预算措施和加强预算管理的建议；编制市级年度财政预算草案和办理预算追加事宜；审核报批部门预算项目调整申报事项，审定、批复市级部门预算；承担市对县的转移支付工作；编制市本级年度预算；汇总全市预算，负责编制向市人民代表大会常务委员会报告的年度财政决算；办理动用市级预备费的申报事项，对年度预算超收提出分配使用建议；参与税收政策调查和研究，办理政策性退税的审核、报批、退付等工作。
（四）国库科
执行总预算会计、预算外资金财政专户会计制度；拟定国库管理制度、国库集中收付制度；管理财政和预算单位账户、部门决算及总会计核算；承担国库现金管理工作；管理地方政府债券；负责市级财政工资统发、公务卡消费、财政专户出纳工作；授权支付额度的下达；参与实施政府非税收入国库集中收缴；研究推进财政国库管理制度改革工作。
（五）经济建设科
承担发展改革、城乡建设、交通运输、环保等方面的部门预算有关工作；参与拟定市级基本建设投资的有关政策；拟定并执行基本建设财务管理制度；负责财政性基本建设投资，国债资金的项目资金管理和会计核算工作；承担有关政策性补贴、专项储备资金和其他项目资金的财政管理工作；对有关专项资金追踪问效；审核分管部门（单位）的年度决算并提出建议；研究基本建设贴息政策，核定并办理政策性基本建设贷款贴息；负责国有土地有偿使用权出让金收支和住房保障资金的管理；负责廉租住房资金专户管理。
（六）金融协调办公室
编制年度政府投融资计划；支持政府融资平台建设并实施监督管理；协调银行、融资平台、项目业主关系，对融资贷款合同进行审查、备案；负责市级政府债务管理，归集还款资金和贷款本息的审核支付工作，建立稳定的还款机制和风险补偿机制，管理还本付息专户收支；负责对地方金融机构财务监管。
（七）社会保障科
承担人资社保、民政、卫生等方面的部门预算有关工作；会同有关方面管理市财政社会保障和就业、医疗卫生、民政等支出；承担社会保险基金财政监管工作；对有关资金追踪问效；审核分管部门（单位）的年度决算并提出建议；审核全市社会保障基金预决算草案；参与社会保障体系建设和分管部门行业发展规划及相关制度、办法的研究拟定工作。
（八）行政政法科
承担行政事业、政法、民主党派、群团等方面的部门预算有关工作；拟定并执行相关财政、财务管理制度及资金管理办法；实施政法经费保障机制和分类保障办法；对有关专项资金追踪问效；审核分管部门（单位）的年度决算并提出建议；参与分管部门行业发展规划和相关制度、办法的研究拟定工作。
（九）教科文科
承担教育、科技（知识产权）、文体（新闻出版、版权）、人口计生等方面的部门预算有关工作；负责义务教育经费保障机制改革的具体工作；管理教科文专项资金；对有关专项资金追踪问效；审核分管部门（单位）的年度决算并提出建议。
（十）农业与基层财政科
承担农委、林业、水利、气象等方面的部门预算有关工作；监督实施财政支农政策及措施；拟定财政支农资金及项目管理办法和相关财务管理制度；管理、分配和监督财政支农资金，管理政策性农业和扶贫专项贷款贴息；对支农资金追踪问效；审核分管部门（单位）的年度决算并提出建议；参与分管部门行业发展规划和相关制度、办法的研究制定工作；指导全市基层财政管理工作，组织实施各项财政惠农补贴资金的发放工作；承担乡村债务化解补助资金和村级公益事业一事一议财政奖励补助资金管理工作；负责国有农场税费改革转移支付资金管理；负责市农村综合改革领导小组办公室的日常工作。
（十一）农业综合开发科
拟定农业综合开发项目、资金、财务管理制度；编制农业综合开发规划、计划并组织实施；管理和统筹安排财政农业综合开发资金；组织检查农业综合开发项目的执行情况。
（十二）企业科
负责国有资产经营预算的有关工作；管理企业专项资金，负责追踪问效；贯彻执行企业财务制度及企业财务报告编制办法；参与市属国有企业改革改制及相关政策的研究。
（十三）综合科
分析预测财政经济形势并提出相关政策建议；执行收入分配政策；承担清理规范各类津贴补贴的具体工作；承担彩票管理的相关工作；执行政府外债管理的有关制度，负责国际金融组织和外国政府贷（赠）款项目的相关工作，并监督资金的使用；承担政府外债贷款资金债务分割、回收和还本付息付费的相关工作；参与拟定地方财政、税收、国有资产管理的有关实施细则草案；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担税制政策调整、税种增减、税目税率调整、减免税和税制改革调查有关工作；承办国家赔偿费用管理和行政复议、应诉工作。
（十四）政府采购科
拟定并组织实施政府采购制度和办法；管理和指导政府采购相关工作；编制审核政府采购预算和执行计划，审核支付采购资金；处理政府采购中投诉事宜；会同有关部门查处专控商品和政府采购中的违法违纪行为。
（十五）会计科
管理全市会计工作，组织实施国家统一的会计准则制度、内部控制规范、会计信息化标准；管理会计从业资格；负责会计专业技术资格管理和会计基础工作规范化、会计电算化工作；管理代理记账工作；负责政务服务工作。
（十六）绩效评估科
建立财政支出绩效评价制度和评价体系，承担重大支出的绩效评估工作；承担财政性投资项目的预、结算及竣工财务决算审查、招标标底编制、评审及有关管理工作；承担财政性投资的基本建设、技术改造、国土资源勘探等项目的评估咨询。
（十七）信息科
拟定并组织实施市级财政系统信息化建设和中长期规划；管理机关局域网、内部网络、门户网站，开发信息资源；会同建设“金财工程”等财政管理信息化网络系统及信息技术培训；承担机关办公自动化设备的配置和维护等工作。
（十八）财政监督科（市财政监督检查局）
拟定并组织财政监督检查制度；监督检查会计信息质量；承担本局内部的监督检查工作；承担财政收支预算执行、财政资金使用以及各单位财务收支执行情况的检查工作，提出完善财政政策和加强管理的建议；依法查处违法违纪行为，并收集整理上报。
纪检监察机构 市纪委派驻市财政局纪检组，市监察局派驻市财政局监察室（职责由财政监督科承担）。
