福建省福州儿童医院的医疗设施和服务涵盖广泛，其专业科室发展显著，致力于提供高品质的医疗服务。其中，哮喘防治中心是医院的亮点，遵循全球哮喘防治的权威指南GINA方案，与国际标准保持同步。中心的主任是中华医学会变态反应学分会的重要成员，现任福州市医学会变态反应学分会的主任委员，为哮喘患者的治疗提供了强有力的专业支持。
儿科内分泌专业在福建省内享有领先地位，学科带头人在省级医学组织中担任常务委员及内分泌代谢病学组组长，确保了诊疗技术的前沿和精准。小儿泌尿外科是华东地区率先设立的“大小便功能障碍诊治中心”，在两性畸形矫正术和肛门巨结肠手术等领域独具特色，展现了该科室的专业实力。
儿童矫形脑瘫康复中心以中西医结合的方式，采用手术和综合训练相结合的康复方法，成为福建省内康复治疗的一大特色，为脑瘫儿童提供了全面且个性化的康复方案。此外，耳鼻咽喉科和儿童心理医疗专科在全省乃至全国范围内，凭借其先进的技术和临床水平，深受患者和同行认可。
福建省福州儿童医院创建于1986年6月1日，现已发展为一所集儿童医疗、保健、康复、科研、教学为一体的综合性儿童专科医院。医院地处繁华的八一七中路，北临福州大饭店，是福州市中西医结合重点专科，民政部救助残疾儿童手术康复“明天计划”工程的定点机构，福州市残疾人联合会定点康复基地，福州市新型农村合作医疗定点医疗机构和省“爱婴医院”。附设的福州市支气管炎哮喘研究所被中华医学会儿科分会授予“健康呼吸中心”。