农村合作医疗保险和职工医疗保险的区别有：
第一，二者所覆盖的对象不同
参加农村合作医疗保险只有农村户口的人才能够办理，其他非农户口不能办理;而职工医疗保险，城镇所有用人单位及其职工都要参加。
第二，二者缴费主体不同
农村合作医疗的缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障这份保险能够为农民百姓提供医疗保障;职工医疗保险的缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障这份保险能够为劳动者提供医疗保障。
第三，二者缴费方式不同
农村合作医疗保险由农民自愿参加，没有强制性，而且每年都要办理参保缴费手续，一年不缴费，下年就不能享受待遇；职工医疗保险对于用人单位来说具有强制性，就是用人单位必须要为自己的员工办理职工医保，而且缴费要达到当你规定的年限。费用由单位和职工个人共同承担支付。
第四，二者报销比例不同
农村合作医疗的参保者没有个人账户、报销比例相对于职工医保来说要低一些，限额较低，因为是一年一参合，参合本年度享受报销；
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元；镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元；
二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；中药发票附上处方每贴限额1元；镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
新农合住院报销比例：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
职工医保的参保者拥有个人账户，定期都会有费用划入到个人账户里，而且报销比例比较高，虽然说有起付标准，但是它的报销最高限额比较高，医疗费也不封顶。只要参保人员完成了规定的缴费年限后，就可以享受到终身医疗保险待遇。
职工医保，到医院的门诊、急诊看病后，1800元以上的医疗费用才可以报销，报销的比例是50%。如果是70周岁以下的退休人员，1300元以上的费用可以报销，报销的比例是70%。如果是70周岁以上的退休人员，1300元以上的费用可以报销报销的比例是80%。
住院报销的标准与参保人员所住的医院级别有关，如住的是三级医院，从起付标准到3万元的费用，报销85%；3万元到4万元的费用，报销90%；超过4万元到最高支付限额部分的费用，则95%都可以报销。而退休人员个人支付的比例是在职职工的60%，
第五，二者缴费标准不同
农村合作医疗保险的缴费标准有好几种情况，分为100元、200元、300元、400元、500元不等，每个地方都有各自的缴费标准，需要结合当地的缴费标准来选择，新农合门诊看病乡村卫生院社区医院可报一部分，上级医院不报销，住院看病报销比例高百分之六十五到百分之八十五。
职工医疗保险的缴费标准与参保者的工资有关，按照相关的比例标准进行缴纳，一般来说，个人需要承担20％，单位需要承担80％，单位要缴的多，职工医保缴费标准要比农村合作医疗保险高。
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