清朝初期，为了有效地管理明代遗留的疆域，顺治时期沿袭了明代的15布政使司制度，只是将北直隶改名为直隶，南直隶改为江南布政使司，同时取消了南京的国都地位。随着康熙帝的改革，布政使司被改为省，考虑到15省的规模过大，清朝将其调整为18个省，如将湖广分为湖南、湖北，江南分为江苏、安徽，陕西分为陕西、甘肃。
清朝在边疆地区实施了特殊的行政区划，设立了将军辖区，如东北的奉天（盛京）、吉林、黑龙江，外蒙古的乌里雅苏台，新疆的伊犁，西藏和西宁的办事大臣辖区，以及直接由理藩院管辖的内蒙古盟旗。这些地区加上内地的18个省，总计26个政区。1884年和1887年，清朝分别设立了新疆省和台湾省，而1907年的改置使奉天、吉林、黑龙江成为省，总数变为23省。然而，1895年的马关条约导致台湾省割让给日本，因此历史上通常称为22省，这些政区划分为现代中国的省奠定了基础。
清代的行政区划体系在省以下沿用了明朝的模式，包括府、直隶州和县。新增的行政区划单位是厅，分为直隶厅和散厅，直隶厅与府、直隶州平行，隶属于省，通常不包含县；而散厅则隶属于府，与散州和县并列，成为最基层的行政区域。直隶州领县的规定在清代省以下发生改变，府辖的州不再领县，而省辖的直隶州则继续沿用这一制度。
在元明时期的行政区划系统中，州和县是四级体系的一部分，而清代则简化为三级，主要以省—府—县和省—直隶州—县为主。在边远地区和省，盟旗成为重要的行政区划，盟相当于府，旗相当于县，西藏则设有营作为特殊区域的管理单位。
清朝幅员辽阔，在沿袭了行省制度后又采取了其他种制度来管理地方事物，清朝在公元1644年，入主中原统一全国后，划山海关内为18个行省。省下设道、府（州）、县。 同时在北方设立五个将军辖区，管理广大的东北和西北地区。又在科布多设立参赞大臣辖区和西藏办事大臣及达赖喇嘛辖区、西宁办事大臣辖区、青海玉树四十族等负责广大的西南地区。在云贵地区设立土司制度。步入近代以后有在东南和西北设置了台湾省和新疆省。1908年（光绪三十四年），清朝共分为二十二省以及许多特殊地区。