明朝皇帝世系大致上比较平稳，波折出现在三处：
第一，众所周知，太祖四子燕王朱棣发动“靖难之役”， 以藩王入主帝位，藩王以武力反抗中央还取得胜利的，在五代十国之后属于首例，也仅此一例。 从此大明皇位世系，由“太子家”转到“燕王家”，是 明朝 历史 上第一次以小宗代替大宗 。
第二次，明武宗无子嗣，大臣选中其堂弟世宗继位，世宗为了给自己亲父兴献王争取“皇帝”的名分，与大臣发生“大礼议”之争，最终获得胜利。这是 明朝第二次以小宗代替大宗 。
第三次其实比较牵强，发生在崇祯煤山自缢、明朝灭亡后的南明小朝廷。其实， 南明无法复制南宋半壁割据，根本原因在于明朝宗室众多，为了皇位自相残杀 ，才让满清钻了空子。而南宋在“靖康之难”后，太宗一脉几乎被一网打尽，仅剩康王赵构一棵独苗，拥有继位的“正统性”，这样有利于凝聚力量，一致对外。
明朝皇帝世系的最大特征就是—— 辈分名字规整分明 。太祖朱元璋是一个精力旺盛，兼有“强迫症”的皇帝，他在位时就“规划”好了大明朝之后几百年的政治走向。表现在皇位继承上，就是为子孙定好辈分、姓名，比如，在朱元璋制定的《皇明祖训》中规定，“太子家”辈分是“允文遵祖训，钦武大君胜……”，“燕王家”是“ 高瞻祁见祐，厚载翊常由 ……”，直到第20辈。
而取名按照“五行相生”的原则，即“木生火、火生土、土生金、金生水、水生木”，以此循环往复，而且取名多用生僻字，以方便避讳。因此，网上有段子说，我们能够从明朝皇帝和宗室的名字中找到一张元素周期表。
明朝皇帝世系还有一大特点，就是皇帝普遍寿命不长。仅有太祖70岁，仅有成祖60岁，其余大多都在30-40岁之间。其中两个在位超过40年的皇帝（世宗、神宗）也未超过60岁。
从明太祖朱元璋开始，规定皇帝“不改元”，即正常情况下不改年号，因此明清两代皇帝可以用年号来称呼，故表中注明了皇帝年号。