RNASEQ（二）: PCA主成分分析

Question

如题所述

Answer 1

目的 ：PCA分析可以得到样本之间的相关性和离散程度。

内容：
1 . 基因表达量数据进行标准化，用tpm和fpkm两种方法进行相对定量，后续分析我们一般会用tpm。

2 . 使用标准化后的tpm数据做主成分分析（PCA）

数据 ：RNASEQ上游分析得到的read count矩阵。

工具 ：Rstudio。

步骤：

TPM=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm)

Ni：mapping到基因i上的read数； Li：基因i的外显子长度的总和