“十一五”期间，我院针对全区农牧业生产急需新品种新技术现状，集中力量进行科技攻关，取得一批重要科技新成果。
种植业方面：玉米育种选育出适宜自治区不同种植区域以及加工需求的各类玉米品种10多个，其中“内单314”连续四年打破自治区玉米高产纪录；小麦“农麦2号”套种玉米“内单314”使自治区首次实现了超吨粮田、超高产田的双超目标。小麦“优质高产专用“农麦2号和农麦201”选育及高效生产技术研究”获自治区科技进步一等奖；食用和油用向日葵优质高产新品种相继育成“高产优质多抗向日葵新品种“内葵杂3号和赤葵2号”选育及配套技术研究”获自治区科技进步一等奖；甜菜育种取得突破性进展，选育出国内第一个单粒抗丛根病雄性不育杂交种“内甜单1”和含糖率突破16%的甜菜抗丛根病新品种“内甜抗201”，并获得自治区科技进步二等奖；此外，在自治区特色作物的新品种选育中为加工企业培育了适宜加工的优质专用品种多个。同时，设施蔬菜种植新技术、生物防治病虫草害综合技术和节水灌溉旱作农业综合技术被推广转化应用于生产中，取得了巨大的经济效益和社会效益。
畜牧业方面：肉羊高效繁育技术推广到自治区5个盟市，推广数量达15万只。主持并参与了巴美肉羊新品种培育填补我国肉羊杂交育种的空白，并获自治区科技进步一等奖。细毛羊和白绒山羊两项良种扩繁体系建设及生产化示范技术得到转化应用。研究出草地植被遥感监测技术和京津风沙源工程技术。全区不同草地划区轮牧及休牧模式，被自治区评为十大创新技术在全区牧业旗县进行推广。育成了“驼绒藜”等一批优质牧草。
高新技术研究方面：获得沙冬青乙烯应答转录因子基因和沙冬青热激蛋白基因。亚麻雄性不育基因和向日葵葡萄糖氧化酶基因GENEBASNK得到登录。获得58个柠条抗旱基因。首次获得全区第一例克隆牛。取得“肉牛杂种优势DNA多态性系互测”重要成果。建立起绒山羊和舍饲绒山羊甲浣菌mceA基因的指纹图谱。
几年中，全院先后育成46个农作物新品种和14个牧草（畜）新品种，提出17项农作物、畜牧、草原等重大新技术，获得自治区一等奖和全国农牧渔业丰收二等奖以上科技新成果27项，取得高产奶牛体细胞克隆技术应用等4项高新技术和5项生物技术最新研究成果。为现代农牧业发展提供了科技支撑。
