1999年12月3日，朝阳区撤销宽平街道办事处，将其所辖行政区域划归湖西街道办事处管辖；撤销建设街道办事处，将其所辖行政区域划归红旗街道办事处管辖；撤销白菊街道办事处，将其所辖行政区域划归清和街道办事处管辖。
2000年，朝阳区辖8个街道、3个镇、1个乡。
2002年11月18日，将朝阳区富锋镇万顺村、拉洛村交由长春市高新技术产业开发区管委会代管。万顺村面积为11.69平方公里，拉洛村面积为7.74平方公里，按原管辖自然界线整建制移交，高新区管委会接收后要保持两村的完整建制，可暂时责成社会发展局对两村分别实行直管。
2003年，朝阳区辖：南湖街道、红旗街道、孟家街道、永昌街道、湖西街道、重庆街道、桂林街道、清和街道、永春镇、富锋镇、乐山镇、双德乡。
2004年，朝阳区辖：湖西街道、重庆街道、红旗街道、清和街道、永昌街道、南湖街道、桂林街道、南站街道、富锋镇、永春镇、乐山镇、双德乡。
2006年，将朝阳区富锋镇富锋村、前程村2个村整建制划归汽车产业开发区代管。 2006年，撤销富锋镇设立富锋街道。 朝阳区位于长春到四平深断裂（一条分割山地与平原的主要构造线），以东为隆起区，以西为沉降区，朝阳区位于隆起区与沉隆区之间。地质构造的过渡性决定了朝阳区地貌类型的多样性，形成了东高西低的地貌特征。
松辽平原地貌由山地、台地和平原组成，形成了“一山四岗五分川”的地貌格局。朝阳区山地面积较小，台地面只较大。
朝阳区位于松辽平原东部山地向西部平原过渡的伊通河台地上。地势东高西低，地貌由台地和平原组成。其中，台地占70%、平原占30%。不同的地貌类型对城市建设起着不同的制约作用。 朝阳区地处中国东北平原腹地，海拔在250-350米之间，地势平坦开阔。属北温带大陆性季风气候区，在全国干湿气候分区中，地处湿润区向亚干旱区的过渡地带。气温自东向西递增，降水自东向西递减。春季干燥多风，夏季湿热多雨，秋季天高气爽，冬季寒冷漫长，具有四季分明，雨热同季，干湿适中的气候特征。
年平均气温4.8°C，最高温度39.5°C，最低温度-39.8°C，日照时间2688小时。夏季，东南风盛行，也有渤海补充的湿气过境。年平均降水量522至615毫米，夏季降水量占全年降水量的60%以上；最热月（7月）平均气温23℃。秋季，可形成持续数日的晴朗而温暖的天气，温差较大，风速也较春季小。
