昌吉在新疆北部。
昌吉回族自治州位于天山北麓、准噶尔盆地东南缘，东临哈密地区，西接石河子市，南与吐鲁番市、巴音郭楞蒙古自治州毗邻，北与塔城、阿勒泰地区接壤，东北与蒙古国交界。从东、西、北三面环抱乌鲁木齐市。东西长541千米，南北宽285千米，总面积7.39万平方千米。州府昌吉市东距乌鲁木齐市中心38千米。
1954年7月8日，成立昌吉回族自治区。1955年3月11日改名为昌吉回族自治州，1958年将玛纳斯、呼图壁、奇台、吉木萨尔、阜康、木垒等县划入全州管辖。1959年，将乌鲁木齐县划归乌鲁木齐。1983年后，昌吉市、阜康县、米泉县相继建市。2007年，将昌吉回族自治州米泉市并入乌鲁木齐市，撤销米泉市；设立乌鲁木齐市米东区。
昌吉回族自治州的地理环境
昌吉回族自治州地势南高北低，由东南向西北倾斜，南部是天山山地，中部为广袤的冲积平原，北部为浩瀚的沙漠盆地，此区域为横亘南部的天山的北坡，习惯称之为天山北坡。东部为北塔山（东西向的天山与南北向的阿尔泰山的山结），地势南高北低，由东南向西北倾斜。可分为4个地貌单元：天山山地、倾斜平原、沙漠盆地、北塔山山地。
昌吉回族自治州属中温带区，为典型的大陆性干旱气候，具有冬季寒冷、夏季炎热、昼夜温差大的特点。由于地形条件的影响，由南向北气候差异较大，南部夏季降水较多；北部沙漠性气候特征显著。