医学部下设七个学院一个中心，即基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院（附属医院）、口腔医学院、医学检验学院、护理学院、药学院和生命科学研究中心。
医学部有教职工1345人，专任教师426人。其中，教授34人、副教授35人；博士23人，硕士95人。有在校生3831人，其中研究生292人、本科学生2996人、专科学生415人，来华留学生128人。
现有预防医学专业、临床医学专业、医学影像学专业、口腔医学专业、医学检验专业、护理学专业和药学专业等7个本科专业；有人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、内科学、外科学、神经病学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、护理学、药物分析学和药理学等13个二级学科硕士学位授权点和1个临床医学专业硕士授权点。
临床检验诊断学、内科学是吉林省重点学科。临床检验诊断学的四个主要研究方向为：1、疾病的免疫学指标及免疫学诊断，2、生物活性物质的结构、功能与检测，3、肿瘤标志物的筛选与肿瘤的基因诊断，4、病源微生物耐药性检测及耐药机制的研究。内科学的四个主要研究方向为：1、高血压、冠心病的早期诊断与治疗，2、消化道肿瘤的早期诊断与治疗，3、病毒性肝炎、肝硬化、肝癌的诊断与治疗，4、白血病的诊断与治疗。还有校重点资助学科2个、校重点建设学科8个、校重点扶持学科8个、吉林市医疗重点专科13个。
医学检验与测试基础实验教学中心是吉林省重点建设实验教学中心。医学检验与测试基础实验教学中心是吉林省重点建设实验教学中心。有省卫生厅重点实验室9个，包括：病原生物学实验室、神经免疫与临床免疫实验室、医学蛋白质与蛋白质组学实验室、神经生物学实验室、心血管病实验室、临床检验实验室、神经病学实验室、医学影像实验室和整形外科实验室。
医学部现有省精品课4门，包括：医学微生物学、医学免疫学、生理学、药理学；省优秀课10门，包括：医学微生物学、分子生学、免疫学、人体解剖学、生理学、护理学基础、内科学、传染病学、检体诊断学、皮肤学与性病学；校优秀课23门。
依托各级各类重点学科、重点实验室开展医学科学研究，目前有省市级在研项目68项，经费200万元。省市级鉴定成果112项，省市级奖励103项，SCI论文66篇。
医学部拥有一所生命科学研究中心，设备价值总值近2000万元，100万以上的大型仪器设备十余台件。
目前，医学部在教学教务、科学研究、学科建设和师资队伍等方面已呈现出更加广阔的发展前景，成为具有自己办学特色的地方性重点大学的教学单位。医学部将秉承“忠诚医学、勤奋笃学”的优良传统，发挥医学教育资源整合的优势，扬帆起航，阔步前进，为达到国内医学教育领先水平而努力奋斗。
