抗日战争之前：
1912年，张謇借用资生铁厂车间创办“纺织染传习所”。同年秋，传习所扩大规模，改称“南通纺织学校”。纺织学校分本科、预科两班，本科招收旧制中学毕业生、学制3年，预科招收高小毕业生、学制5年，采用美国费城纺织学校的课程内容。学校教师聘请日籍教员和留学美、英专习纺织技术回国的黄秉琪和丁士源任教，张謇亲任校长。中国纺织领域以学校形式培养专业人才由此开端。
1913年，张謇等人捐建校舍于大生纱厂东南侧，占地35亩，定名为“纺织专门学校”。学校与纱厂仅一墙之隔。学校毗连工厂，便利教学与学生实习。
1914年，张謇题写“忠实不欺，力求精进”之校训悬于教学楼，并建立各种规章制度115条，还写了一个《旨趣书》。同年，张謇根据人才培养需要，向国外订购最新式纺织设备，供纺校学生在掌握纺织技术理论的同时，全面实践纺织工程技术。学校尤其重视“手脑并用”的教学方针。实验工场初设纺机、织机两个实习工场，此后陆续增设丝织专业班、电工专业班、机械专业班，还增设了针织技术课。学生由教授（师）先上基础课，理论课以后与实习课交叉进行，在实践中加深对理论知识的理解。为了加强学生的实践能力，学校又聘请了一名英国工程师，负责学生的实习指导工作。实习操作期间，学生由工厂派来的技师带领上机，手把手地指导他们，使每个学生能在每个具体岗位上熟练操作,对有关机械的结构、操作、故障、修理和安全等各种问题，都能运用相应的专业知识去解决，保证学生毕业后就业能够独立上岗，成为企业中骨干。
张謇当年创的办艺徒预教学校，只为工厂输送了具有一般技能与知识的艺徒。而办纺织厂亟需纺织专门人才，清末民初的中国，尚无现代纺织技术人才，纺织工程技术完全仰仗洋人，非但人才难觅，且索价高昂，这成为张謇办实业的一大难关。大生纱厂最终聘到英国工程师汤姆斯和机匠忒纳。但是，生产技术方面的大小事务，诸如机器的购买、安装、管理、生产、维修完全掌握在洋人手中。如大生纱厂当年所购机器，必须由汤姆斯指定的三家洋行供应，不得购置其他厂商的相关产品，连价格、数量、配置货品一概由汤氏说了算，纱厂方面毫无自主权。尽管纱厂为洋专家们建造了高级“专家楼”，请来做西餐的厨师，但他们长期拿着纱厂的高薪遨游沪上，很少到厂任事，驻上海的一切交通、食宿开销却由厂方支付，甚至让与厂方毫无关系的洋人到中国来玩，也要大生纱厂承担各种往来费用。张謇深为国人不能掌握现代科学技术，长期受制于洋人而痛心，遂决心自办纺织专门学校，培养中国本土纺织技术人才。
创校三年后，学校规模不断扩大，张謇即刊发了《纺织专门学校旨趣书》，阐明自己举办纺织学校的主旨：“宁惟以是校养成之人供南通一县之用而已，愿我国人民咸晓然于兹学之不可以已，而邪许以助我也，尤下走之幸也。”为便于学生住校学习，校园内建有宿舍楼、体育场和图书馆，教授住宅区“纺织里”紧邻学生宿舍楼东首。
1917年，私立南通纺织专门学校经国民教育部批准立案。
1918年，该校毕业生协助上海厚生纱厂安装新机成功，结束了我国近代纺织机械安装一味依靠洋人的状况，实现了张謇的中国工厂能自立的愿望。同年8月25日，美国《新贝德福周日标准报》在15版和18版用两个半版刊登了《中国棉纺织厂寻求美国机器》一文，以长篇专访及一组实录照片向美国社会详细报道了南通纺织专门学校的情况。报道中称张謇为“棉业大王”，建校花费了48380元，学校所有机械设备均来自英国，使用的是英文教科书，英文教学，教师中有四位来自于美国，所有学生要先上预科以学习英语。大生纱厂每月拨给这个学校2000块钱的经费，学校当时有学生130人，这些学生来自各个省份，每人每年只需缴纳18元学杂费，2元体育运动费，2元实验费。报道称赞”整个广阔的中华帝国，它是唯一的纺织高等院校”、“自1912年创建以来它的学生人数猛增，工作范围也在迅速扩展”。
1920年，毕业生袁敬仕等将我国第一家近代线厂——益辘线厂的设备安装完成，受到社会各界好评。届时，本校毕业生已遍及国内，各地纺织厂都到该校来招聘所需的技术人才，学风昌盛之状，创建者也始料未及。据私立南通大学农科校友陈翰珍《二十年来之南通》一书记述，“纺织专门学校办成后成绩日佳，而各省学生来入学者亦日益众，盖该校为国内独一无二之学校也”。
1921年，大生三厂建成，本校学生承担并完成了全部纺织机器的排布和安装任务。学生通过社会实践，使自己掌握的知识更全面、更扎实、更实用。
1926年，张謇逝世，其子张孝若继任校长。
1927年，张孝若校长继志述事，改组学校为“南通纺织大学”。
创办纺织高等院校在当年属创举，资金投入比创办文科院校大得多，为了使学校经费有可靠着落，张謇规定，纺织专门学校的常年费用，由他创设的大生各厂按成负担，在每年的纱厂余利中支付，此例一直沿袭下去，使纺织学校得以历久不衰。这是张謇在当时国势衰弱、民力困乏、财政拮据的情况下，开辟的一条卓有成效的办校新模式。南通纺织专门学校是当时全国仅有的以纺织命名的高等院校，被国内外公认为中华唯一的纺织科高等学府。
学校遵循德、智、体全面发展的人才培养目标，建有规模较大的露天操场，还组建有学校足球队、篮球队、网球队、羽毛球队、乒乓球队。学生的身体锻炼与体育竞技水平在南通堪称一流。张謇对学生德育与体格训练十分重视，故而教育质量高，社会影响大，全国各地有志青年竞相前来报考，远如海外侨民、朝鲜学子也有负笈就读的。1917年以后，南通纺织专门学校的留校生与出国留学返校生逐步替代了早期聘请的外籍师资。
当时纺织科学生的毕业证书别具一格，它既是纺校学员的学历资证纪念品（另有正规的部颁纸质毕业证书），也是对每个学员动手能力的验证。毕业证书分为丝织与工艺印染两种，由纺工系与染整系毕业生自己设计图案、自己动手用提花织机编织或制版印染，充分体现了该校的教育传统与办学特色。
1928年8月，与私立南通农科大学、私立南通医科大学合并组成私立南通大学（Nantung University），并成为私立南通大学纺科。张谊担任南通大学纺织科教务主任、南通大学纺科代理科长。
1930年11月，私立南通大学改名为私立南通学院，并成为私立南通学院纺科。
1935年10月，张孝若在上海遭暗杀，不幸去世。同年11月，褚民谊任私立南通学院代理院长。
1936年8月，由郑亦同接任私立南通学院院长。医科本科学制，1936届起由5年制改为6年制。
抗日战争期间：
1937年，南通学院已经有专职教授20名，副教授9名，讲师19人，其中很多是留学归国来任教的。是年8月，南通遭到日本战机狂轰滥炸，南通学院被迫停课。是年，医科和附属医院人员设备全部被迁到扬州。
1938年2月，南通学院医科附属医院被国民政府军政部正式命名为第七重伤医院，投入到抗战第一线。之后，第七重伤医院辗转来到湖南衡阳。8月，南通学院医科与江苏省立医政学院合并，组建国立江苏医学院。12月，江苏医学院迁到了贵州贵阳借当地校舍办学。12月，江苏医学院迁到了贵州贵阳借当地校舍办学。同年9月，在多方支持之下，南通学院的农科与纺科迁到了上海的江西路45号复课，后来又迁到了上海的重庆路办学。
1939年，南通学院医科迁到了重庆的北碚，并成立了附属医院。
1942年，南通学院部分师生迁到新四军淮南根据地桐城镇办学，而在南通学院本部，日本人把学生的实习的机器都砸了，但学校留守人员还是以学生宿舍为教室，办起了高职班。
抗日战争胜利后：
1945年，抗日战争胜利，南通学院的师生准备迁回南通，并在南通学院本部成立了还校办事处，接管了已满目疮痍的校舍校具。是年，国立江苏医学院准备整体迁至镇江，私立南通学院报告要求在原址恢复医科，国民政府教育部随即批准了此报告，于是，远在重庆的国立江苏医学院部分（原南通学院医科）师生从重庆码头登船，一路顺流而下回到了南通。
1946年秋，由于校舍不够，只有纺工系两个班、染化系一个班与农科一年级回到南通上课，其余二、三、四年级学生只能仍然在上海临时校舍上课。1946年，私立南通学院医科恢复招生。
1947年春，农科农艺系与纺科二年级学生相继迁回了南通唐闸上课，农科畜牧系与纺科三、 四年级学生，仍然留在上海上课。
1948年，由于国共内战，南通局势不稳，除了新招的两个班，其余的学生再次迁到了上海上课。
1949年8月，南通与上海解放，农科、纺科几百人便冒着酷暑，通过水陆两路迁回南通。
1952年，全国院系调整，南通学院遭到拆分，农、纺、医三科相继外迁 。是年7月，南通学院纺织科被调往上海，与多所纺织专科学校合并组建华东纺织工学院（即今之东华大学）。
1977年12月，经省人民政府同意以南京工学院南通分院名义复建纺科。
1979年1月，经国务院批准改称南通工业专科学校。
1980年7月，省政府报经教育部批准，改名为南通纺织专科学校。
1985年1月，省人民政府报经国务院批准更名为南通纺织工学院。
1995年9月，经国家教委批准，更名为南通工学院。
2004年5月，经中国教育部批准，与南通医学院、南通师范学院合并重组公立南通大学（Nantong University），工科成立了南通大学纺织服装学院、化学化工学院、电气工程学院、机械工程学院等。
