根据上述职责，县教育局设10个内设机构，均为正股级。
(一)办公室
综合协调局机关重要政务、事务；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及综合协调、政务公开、新闻宣传、信息、信访、保密、教育社团管理等工作；负责制订局机关各项工作规范、计划、总结；负责机关作风建设和精神文明建设工作；负责指导系统内部报刊的编辑、发行工作；负责人大代表、政协委员建议、提案、议案的办理工作；负责机关财务和固定资产管理工作；负责机关干部工作生活和全局性重要活动的后勤服务工作；牵头协调教育协作和对口支援工作；负责重大决策、重要会议的贯彻落实情况督查工作；负责对各学校年度评比表彰工作。
(二)规划财务科
拟订全县教育事业发展规划、全县中小学招生计划以及职业学校招生计划；综合协调各类教育的布局结构调整以及体制改革工作；负责全县教育事业统计工作；参与把关学校预算，拟订教育经费筹措、教育拨款、教育收费等有关政策；负责县直学校国有资产、预决算、财务管理；分配、划拨教育经费，拟订省、县教育专项补助经费的分配方案；协调、指导校园建设规划的制订与实施工作；承担教育基本信息统计、分析工作；承担全县教育经费投入情况的统计、分析工作；统筹管理国家专项拨款、赠援款和世界银行贷款等外资贷款；指导、协调资助各类学校家庭贫困学生工作；负责红十字会工作；负责高校学生生源地信用助学贷款工作；负责会计结算中心工作；负责撤并学校资产管理工作。
(三)政教法制科(学校安全管理科)
研究教育改革与发展战略并就重大问题进行政策调研；参与规范性文件起草并负责涉法文件审核把关工作；负责中小学生德育工作，指导中小学心理健康教育工作；指导中小学校宣传工作、思想政治工作，协助指导学校精神文明建设工作；指导教育系统法制建设和依法行政、依法治教工作；承担教育行政执法监督工作；承担行政复议受理和办理工作；协助办理本部门行政复议、行政诉讼的应诉事项。
指导、协调学校安全保卫和治安综合治理工作；指导、协调教育系统维护稳定工作；指导学校网络管理安全工作；指导、协调学校食品卫生、校舍、实验器材、药品安全工作；指导、协调学校重大安全事件处置工作；指导、协调学生人身伤害责任保险工作；指导学校开展安全教育工作。
(四)初等教育科(射阳县语言文字工作委员会办公室)
承担全县初等教育(含学前教育、特殊教育)统筹管理工作。指导全县初等义务教育的实施巩固工作；协助制定全县初等教育事业发展规划并指导实施；指导优质幼儿园、示范性特殊教育学校评估工作；指导初等教育教学改革与管理，落实国家和省的办学标准和教学计划，指导小学招生工作和学籍管理工作；指导全县校外教育、家长学校、妇女儿童教育、家庭教育等工作；协助管理全县初等教育社会力量办学和合作办学的有关事宜；指导全县扫除青壮年文盲的巩固提高工作；承担县语言文字工作委员会办公室的日常工作；拟订语言文字工作规划并组织实施；指导推广普通话工作和文字规范化工作，并监督检查；负责普通话等级测试组织工作；组织全县教师普通话培训和合格考核工作。
(五)中等教育科
承担全县普通中等教育统筹管理工作。指导全县初级中等义务教育的实施巩固工作；协助制定全县中等教育事业发展规划；制定全县普通中学改革和发展总体目标，并组织实施；指导星级高中的评估工作；指导普通中学教育教学改革与管理，落实国家和省的办学标准和教学计划，组织和指导普通中学招生工作和学籍管理工作；负责高、初中毕业证书的审核工作；指导学校开展民族教育、科普宣传与科技教育等工作；协助管理全县普通中学社会力量办学和合作办学的有关事宜。指导全县学校体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育、人防教育工作；组织全县性的学生体育竞赛和艺术交流活动；指导学校体育、卫生与艺术教育教学改革；会同相关部门对贯彻学校体育、卫生工作条例的情况实施监督检查，做好学生常见病、多发病的防治工作；开展学生体质调研和抽测；参与学校体育、卫生与艺术教育师资队伍建设与培训工作；会同有关部门建立学生体质健康监测和学校公共卫生应急处理机制。指导、协调学生军训工作；指导、协调教育系统双拥和人民武装工作。
(六)职业教育和社会教育科
承担全县职业教育和社会教育统筹管理工作。协助做好职业教育发展规划、结构调整和体制改革工作，指导职业教育、成人文化技术教育教学工作；研究制定中等职业教育办学条件、教育质量评估标准；负责各类中等职业学校的设置、变更、撤销、调整工作；负责中等职业学校专业设置、学制、教材、课程建设等工作，指导学校示范专业、实训基地建设以及教育技术装备、教育信息化工作；负责和指导中等职业学校招生工作，负责全县中等职业学校学籍管理及毕业证书的审核工作；指导职业学校科技成果转化、科技服务和“产学研”结合等工作；负责社会力量办学审批、常规管理、办学指导及年度审检等工作；指导农民文化技术教育、职工教育、老年教育、社区教育和构建终身教育体系工作；承担部门服务职能化相关工作。
(七)审计科
负责全县教育经费、财务收支和年终决算的内部审计工作，协助有关具备资质的审计机构对县直学校和直属事业单位的基建维修项目进行决算审计，并实施监督；负责县直学校法定代表人和主要负责人的经济责任审计；负责系统内各项教育收费和资金使用审计；负责教育系统各经费审计，确保国有资产保值、增值；负责对各乡镇教育内审工作的指导和人员培训。
(八)训练竞赛科
研究拟订全县运动项目的发展规划和运动项目设置、布局，负责运动项目的业务管理；研究拟定全县体育训练工作的政策、措施；指导协调体育训练及后备人才的培养工作；负责全县教练员的培训、考核工作，协助指导县竞技体育运动协会工作；组织开展反兴奋剂工作；管理、协调、监督全县体育竞赛工作，研究拟定全县体育运动竞赛的政策和制度；编制竞赛计划，检查监督竞赛的组织实施；指导协调在全县举办的各类重大体育竞赛活动；负责全县裁判员队伍的管理，负责裁判员的培训、考核工作；负责审定、统计、公布各运动项目竞赛成绩和县记录，负责三级及以上运动员等级审核、申报工作。
(九)群众体育科
研究拟订全县群众体育工作的政策、制度及健身计划；推动并监督国家体育锻炼标准的实施，开展国民体质监测工作；指导、监督和协调社会各部门、各行业体育活动的开展；配合有关方面指导、推进学校体育活动的开展；负责群众体育干部的业务培训工作；负责群众体育科研管理；指导协调县群众体育单项协会工作；研究体育产业的发展状况，编制体育产业的发展规划，拟定体育市场和体育经营活动的管理办法，培养体育市场。
(十)组织人事科
承担县教育局党委的具体工作；指导全县中小学党的建设工作，拟订全县教育行政干部队伍建设规划；负责县直学校、直属事业单位的党务工作；负责局机关、直属事业单位和县直学校的人事工作和领导干部管理具体工作；指导全县教育系统劳动人事、机构编制、工资晋升和干部档案管理工作；指导县直学校和直属事业单位的精神文明建设、统战和老干部工作，指导工会、共青团、少先队等群众组织工作，协助关工委开展工作。负责全县各中小学校干部选拔、任用、培训管理等工作。承担教师队伍建设统筹管理工作，拟订全县教师队伍建设规划和相关政策并组织实施；牵头指导师德师风建设；协调教育系统人才工作，规划、指导实施高层次人才的选拔、培养和中小学骨干教师队伍建设工作；负责全县初中及以下教育的教师资格认定工作；负责教师调配和招聘；承担教育系列专业技术职务评聘工作；负责特级教师候选人、国家和省优秀教师、优秀教育工作者的推荐工作以及县优秀教师的评选组织工作。负责学校干部、教师的学历培训、业务培训和继续教育；负责教师进修学校的教育工作；组织、指导教育系统国际合作与交流；管理我县出国留学和来我县留学人员的有关工作以及与港澳台的教育合作交流工作；承担公派出国留学人员选派工作；承担监督管理和中外合作办学的前期审核论证工作；指导、协调教育系统聘请外国专家工作；协助做好教育对外宣传工作。
另按有关规定设置纪检（监察）机构和机关党群机构。
