经过《奔跑吧兄弟第一季》的磨合和探索，《奔跑吧兄弟第二季》在指挥系统方面，团队在总制片人下设立了两位总导演，一位侧重于现场，另一位侧重于编剧；之下还有几个副总导演，分别负责统筹、艺人、商务对接、后期等。
在分工上，团队划分为勘景组、编剧组、导演组、摄像组、后期组、制片组。其中，编剧是跑男出现之后浙江卫视才设立的一个工种，由负责编剧的总导演带领。编剧和导演是分开的。导演更加有精力注重现场的呈现和设置，编剧则侧重编排艺人的整个情感、性格定位和环节内容的走向。负责写出游戏设定，而和剧情无关。没有剧本，所谓的剧本，只是一个流程，这里面涉及了场地、规则、以及导演发布任务时所要说的话等。
制作团队设立了严格的工作流程，每期节目方案出来后，所有的导演和编剧对方案都要层层传达，团队中每个人要按照工作流程进行操作。
第1期：女神保卫战（真假雅典娜） 内容简介：范冰冰与Angelababy化身雅典娜女神，其余艺人则以圣斗士造型亮相，坐着铜马车、顶着“拯救地球”的主题。“照镜子”游戏环节中，两队分别做出动作，之后由对手还原。撕名牌环节采用经典的“老鹰捉小鸡”游戏。
分队情况：
①黄队：邓超（Out）、郑恺（Out）、王祖蓝（Out）、范冰冰、韩庚（胜利）
②蓝队：Angelababy（杨颖）（Out）、李晨（Out）、陈赫（Out）、包贝尔（Out） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：范冰冰、韩庚播出时间：2015-04-17拍摄地：四川成都剧情影视：《圣斗士星矢》第2期：超体元素保卫战 内容简介：“奔跑团”们化身沉睡了百年的R组织特工，为了守护能换来永久和平的“超体武器”，既要破解各种难题，又要与“霸道总裁”黄晓明斗智斗勇。
分队情况：
①R组织：邓超（Out 2次）、Angelababy（杨颖）、包贝尔（Out）、陈赫（Out）、李晨（Out）（胜利）
②Boss：黄晓明
③内奸：郑恺、王祖蓝（Out）（内奸在游戏环节属R组织） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：黄晓明播出时间：2015-04-24拍摄地：浙江杭州剧情影视：《王牌特工：特工学院》第3期：R神之战 内容简介：欧弟、宋佳兵分三派通过“水上保龄”等游戏争夺“R神”之位。
分队情况：
①神算派（绿队）：邓超（Out 2次）、王祖蓝（Out 2次）、包贝尔（Out 4次）
②神指派（红队）：Angelababy（杨颖）（Out 1次）、郑恺（Out 2次）、欧弟（Out 1次）
③神洗派（蓝队）：李晨、陈赫、宋佳（Out 3次）（胜利） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：欧弟、宋佳播出时间：2015-05-01拍摄地：浙江杭州第4期：大叔决战花美男 内容简介：此次“跑男团”登场打出“复古cosplay”牌，李晨身着蓝色西装外套，黑白格西裤演绎上世纪八十年代下海商人，以复古舞蹈秀颠覆亮相。本期《奔跑吧兄弟》再次走进校园，在杭州电子科技大学进行人气对抗赛。
分队情况：
①大叔队：邓超（Out）、陈赫（Out）、王祖蓝（Out）、李晨（Out 2次）、郑恺（Out）、包贝尔（Out 2次）（胜利）
②花美男队：Angelababy（杨颖）（Out）、林更新（Out 2次）、张艺兴（Out 2次）、叶祖新（Out 2次）、李治廷（Out）、蒋劲夫（Out 2次） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：林更新、张艺兴、叶祖新、李治廷、蒋劲夫播出时间：2015-05-08拍摄地：浙江杭州第5期：东厂大战锦衣卫 内容简介：“跑男团”们身穿飞鱼服、腰佩绣春刀，化身成明朝的“锦衣卫”和“厂公”行走于大内紫禁，两个特工组织进行对决，决出最后的胜利组织。
分队情况：
①东厂队：邓超（Out）、王祖蓝（Out）、包贝尔（Out）、杜淳（Out）、吴奇隆（Out，在锦衣卫队的内奸）
②锦衣卫队：Angelababy（杨颖）（在东厂的内奸）、李晨、陈赫（Out）、郑恺（Out）、陈乔恩（Out）（胜利）
注：中国内地男演员何中华特别出演皇帝。 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：吴奇隆、陈乔恩、杜淳播出时间：2015-05-15拍摄地：浙江金华剧情影视：《绣春刀》第6期：寻找X乐章 内容简介：萧敬腾、信、姚晨、邓超四人将变身“音乐导师”带领“跑男团”与董成鹏、吉克隽逸一起找寻线索破解神秘的“X乐章”。
分队情况：
①邓超组（绿队）：邓超（Out）、吉克隽逸（Out）、大鹏（董成鹏）（Out）
②萧敬腾组（黄队）：萧敬腾、王祖蓝（Out）、郑恺（胜利）
③苏见信组（粉队）：信（苏见信）（Out）、Angelababy（杨颖）（Out）、陈赫（Out）
④姚晨组（蓝队）：姚晨（Out）、李晨（Out 1次，后复活到黄队）、包贝尔（Out） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：姚晨、萧敬腾、信（苏见信）、吉克隽逸、大鹏（董成鹏）播出时间：2015-05-22拍摄地：广东广州剧情影视：《中国好声音》第7期：拯救巨婴大作战 内容简介：“跑男团”与“辣妈”刘涛纷纷变身成了“萌萌哒”“巨婴”，玩起了“奔跑”史上萌值最高的游戏。
分队情况：
①黄队：邓超（Out）、Angelababy（杨颖）、郑恺（Out）、王祖蓝（Out）
②红队：李晨（Out）、陈赫、包贝尔（Out）、刘涛（胜利）
注：梁嘉鸿（2010年广州亚运会男子4×100米接力中国队成员）、陈宝（2010年广州健美锦标赛65公斤级冠军）、王诗龄（中国内地主持人李湘与导演王岳伦的女儿）特别出演 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：刘涛、王诗龄播出时间：2015-05-29拍摄地：广东广州第8期：不能说的秘密 内容简介：节目中，“跑男队长”邓超再度化身“神秘人”接受了“不能说的秘密任务”，要在不暴露其秘密身份的情况下淘汰掉其他“奔跑团”成员。
分队情况：
①碟中谍：Angelababy（杨颖）（Out）、李晨（Out）、陈赫（Out）、郑恺（Out）、王祖蓝（Out）、包贝尔（Out）（胜利）
②间谍：邓超 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：无播出时间：2015-06-05拍摄地：北京顺义剧情影视：《碟中谍》第9期：“野蛮女友”特辑 内容简介：在《甄嬛传》里扮演“华妃”、“皇后”的蒋欣、蔡少芬和在《回家的诱惑》里扮演“艾莉”的李彩桦、《二次曝光》里的反派闺蜜霍思燕以及江一燕、Angelababy六位“野蛮女友”与六位“奔跑团”互相搭档，展开了“奔跑”史上女嘉宾最多的一场搭档竞技赛。
分队情况：
①深蓝队：邓超（Out）、江一燕（Out）
②橙队：Angelababy（杨颖）（Out）、郑恺（Out）
③绿队：陈赫（Out）、蒋欣（Out）
④粉队：王祖蓝、蔡少芬（Out）（胜利）
⑤天蓝队：李晨（Out）、霍思燕（Out）
⑥黄队：包贝尔（Out）、李彩桦（Out） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：蔡少芬、霍思燕、李彩桦、蒋欣、江一燕播出时间：2015-06-12拍摄地：北京石景山区剧情影视：《我的野蛮女友》第10期：古镇奇遇记（敦煌大劫案续集） 内容简介：延续上一季西域通商满载而归的剧情，“奔跑商团”夜宿古镇再起风波。货物神秘失踪后，“南洋商队”以压倒性的颜值帅气现身。
分队情况：
①西域商队：邓超（Out）、Angelababy（杨颖）（Out）、李晨（Out）、郑恺（Out）
②南洋商队：陈赫（Out）、包贝尔（Out）、钟汉良（Out）、白百何、井柏然（Out）（胜利） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：钟汉良、白百何、井柏然播出时间：2015-06-19拍摄地：北京密云县剧情影视：《捉妖记》第11期：快乐假期，噩梦假期（上） 内容简介：两位美女“导游”唐嫣和柳岩带领跑男团一起来到了著名的度假胜地塞班岛，在这里度过了一次完美的“塞班假期”。
分队情况：
①绿队：Angelababy（杨颖）、郑恺、陈赫
②黄队：邓超、包贝尔、柳岩
③红队：李晨、王祖蓝、唐嫣（胜利） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：唐嫣、柳岩 播出时间：2015-06-26拍摄地：美国塞班岛第12期：快乐假期，噩梦假期（下） 内容简介：因“导游”唐嫣和柳岩的好奇心，兄弟们开始了第二季的个人“强者战”。
分队情况：
①邓超（Out）
②Angelababy（杨颖）（Out ）
③李晨（Out）
④陈赫（Out）
⑤郑恺（胜利）
⑥王祖蓝（Out）
⑦包贝尔（Out） 固定主持：邓超、Angelababy（杨颖）、李晨、陈赫、郑恺、王祖蓝、包贝尔节目嘉宾：无播出时间：2015-07-03拍摄地：美国塞班岛以上资料来自： 特殊名牌 名牌名称期数持有者说明环节超大号名牌第二期杭州站
超体元素保卫战 邓超、王祖蓝、李晨、陈赫、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔 只有在第一环节（不超时的情况下）中，完成任务，并敲锣，名牌才会自动变小。第二环节：找到监狱逃生门的钥匙，逃出监狱
注：除王祖蓝、郑恺是全程 麻将牌名牌第三期杭州站
R神之战 邓超、王祖蓝、李晨、陈赫、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔、欧弟（欧汉声）、宋佳找齐一个对子和一组顺子。第四环节：花色撕名牌天使翅膀名牌第四期杭州站
大叔决战花美男 李晨、蒋劲夫按序号排列撕名牌。第三环节：序号撕名牌神兽名牌第五期横店站
东厂大战锦衣卫 邓超、王祖蓝、李晨、陈赫、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔、吴奇隆、陈乔恩、杜淳找齐神兽牌。第四环节：神兽撕名牌音阶名牌第六期广州站
寻找X乐章 邓超、王祖蓝、李晨、陈赫、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔、姚晨、萧敬腾、信（苏见信）、吉克隽逸、大鹏（董成鹏）找齐X乐章的26个音阶。第三环节：音阶撕名牌碟中谍小名牌第八期北京站
不能说的秘密 王祖蓝、李晨、陈赫、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔只有找到穿红马甲的空乘，拿到任务卡，并完成任务，名牌才会消除。第三环节：撕名牌情侣连体名牌第九期北京站
我的野蛮女友 邓超、江一燕、王祖蓝、蔡少芬、李晨、霍思燕、陈赫、蒋欣、郑恺、Angelababy（杨颖）、包贝尔、李彩桦按投票数的多少来撕名牌。第四环节：情侣撕名牌天使翅膀名牌第十期北京站
敦煌大劫案续集之古镇奇遇记 王祖蓝名牌会自动长出翅膀。第三环节：金树叶撕名牌反射名牌白百何撕名牌者会被反射击中，OUT。特殊身份 身份名称持有者身份特权复活者邓超被包贝尔用复活晶体复活内奸王祖蓝帮助Boss 黄（黄晓明）淘汰掉其余跑男郑恺Angelababy（杨颖）帮助各自队伍赢得最终胜利吴奇隆复活者李晨在第6期中被萧敬腾复活为其组使用，在第10期中被Angelababy（杨颖）用复活卡复活（备注：只复活5分钟，5分钟后自动回监狱）怪兽（铃铛人）梁嘉鸿撕掉所有跑男团成员及嘉宾的名牌陈宝间谍邓超撕掉跑男团其余成员的名牌碟中谍王祖蓝瞒过“间谍”邓超包贝尔李晨陈赫郑恺Angelababy（杨颖）
