1、收益方式不同：
投资收益是企业或个人对外投资所得的收入(所发生的损失为负数)，如企业对外投资取得股利收入、债券利息收入以及与其他单位联营所分得的利润等。公允价值变动收益是资产或负债因公允价值变动所形成的收益，所属内部收益。
2、收益性质不同：
公允价值变动损益针对的是那些以公允价值计量的资产，主要包括交易性金融资产（如股票、债券、期货、基金等）、投资性房地产、衍生金融资产、金融负债四大类。投资收益是当投资性资产出售后，实实在在的获利或者亏损才会反应在投资收益中。
3、会计处理方式不同：
公允价值变动收益在新会计准则下新增加的科目，企业计提“坏账准备、存货跌价准备、持有至到期投资减值准备”时，在新会计准则下，计提的坏账准备、存货跌价准备都借记“资产减值损失”，贷记“坏账准备、存货跌价准备”等。
可以把它当成“管理费用”来理解（但并不是管理费用），“资产减值损失”科目余额在月末要转入“本年利润”科目。
投资收益核算企业根据长期股权投资准则确认的投资收益或投资损失，应当按照投资项目进行明细核算，期末将本科目余额转入“本年利润”科目，本科目结转后应无余额。
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