福建省国税局的主要职能根据《国家税务总局关于印发福建省国家税务局主要职责机构设置和人员编制规定的通知》（国税发〔2009〕34号）明确如下：
首先，福建省国税局负责执行国家税收法律法规和部门规章，结合当地实际情况，制定具体实施措施，确保法律法规的有效执行。
其次，其税收征收管理工作涵盖全面，包括研究并实施改革措施，对中央税、共享税及特定基金（费）的征收、税源管理、纳税评估、反避税和稽查工作进行监督，目标是确保税款的全额征收。同时，他们负责增值税专用发票、普通发票及其他税收票证的管理工作。
国税局还对内部执法活动和行政管理进行监督，处理税务行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事务，以维护公正的税收环境。
在服务纳税人方面，他们致力于纳税服务体系的建设和管理，制定并监督执行相关管理制度，保障纳税人权益，同时负责对大型企业进行纳税服务和税源管理。
此外，国税局负责税收收入计划的编制、分配和执行，以及税收会计和统计核算工作。他们推进税收管理信息化，承担金税工程的推广和应用，确保税收管理的现代化。
在国际税收和进出口税收方面，福建省国税局也承担着重要职责。他们还负责党风廉政建设、反腐败和行风建设，对垂直管理的机构、编制、人员和经费进行有效管理。
最后，国税局需完成国家税务总局和福建省委、省政府交付的其他各项工作任务，体现了其全面的职责范围。
福建省国家税务局是福建省主管国家税收工作的行政机构，由国家税务总局实行垂直管理。