山东水利职业学院拥有10个二级学院，开设了涵盖水利、土建、制造、电子信息、财经、旅游、艺术设计传媒等13个专业大类的59个专科专业。
水利工程系：水利工程、水利水电建筑工程、工程测量技术、道路桥梁工程技术、水利水电工程管理、港口工程技术
建筑工程系：建筑工程技术、工程监理、建筑装饰工程技术、土木工程检测技术、建筑工程项目管理
资源和环境系：工程造价、环境工程技术、给排水工程技术、园林工程技术（VR应用3D设计方向）、水务管理（智慧水务方向）
机电工程系：机电一体化技术、机械设计与制造、数控技术、模具设计与制造、制冷与空调技术、汽车检测与维修技术、机电设备维修与管理、供配电技术、无人机应用技术、工业机器人技术
信息工程系：电子信息工程技术、电气自动化技术、通信技术、应用电子技术、计算机应用技术、计算机网络技术、软件技术、软件与信息服务等
经济管理部：投资与理财、经融管理、保险、会计
商务管理部：物流管理、商务英语、旅游管理、酒店管理、电子商务、市场营销
基础教学部
国际合作部
体育教学部