将要产卵的红小丑鱼会用咀仔细地清洗岩石上的藻类和污物等作为将来的产卵床，用尾鳍拂去岩石周围的砂土，认真地进行岩石面的清洁。其后，雌鱼（雌鱼比雄鱼大，体色黑，腹部伸出几毫米长的输卯管）在岩石上磨擦自己的腹部，将卵一粒粒地产下。雄鱼也象雌鱼一样，在卵上磨擦射精，雌雄交替产卵、射精，约1小时产完卵。两次产卵数约1000个左右。产卵后，亲鱼会离去，而用口和胸鳍除去卵上的杂物，扇动水流，继续进行着卵的孵化。这种行为，雄鱼比雌鱼显得更加积极、主动，并随着孵出时日的到来，保护行动与日俱增。
日本亚川叫先生从1971年开始饲养的红小丑配偶鱼，从1973年至1984年11年间，共产卵178次。因此，可以说饲养良好条件下的红小丑寿命意外增长。产卵几乎无季节性，产卵间隔，随饲养水族箱的移动及清洗等环境变化，有的增长至半年或更长，多数在环境改变后10天～16天又开始重新产卵。 受精卯长径为2.6mm―2.9mm，短径为0.9mm―1.0mm，卵呈长椭圆形，系沉性卵，在长轴的一端有纤维状的附着丝，附着在卵床上，卵膜无色透明，卵呈桔黄色。
当水温在27℃―29℃时，受精卵3小时内进入八细胞期，大约5小时后进入三十二细胞期，并继续增长，至10小时，胚胎即进入桑椹期。在受精后第二日，大约19小时，原肠形成即显而易见，至第28小时后，胚胎的身子开始成形，小鱼的头部向下，接着可以看到眼睛，而身体上也出现了6―14体节。
第三天的胚胎，眼睛有显著的发育，而体节也已大致全部形成。这时候，在解剖镜下，可清晰看到心脏每分钟跳动约140次。脑脊椎也相继出现，胚胎的卵黄已稍为减少，由原来的粉红色变成深橙色，在头部更出现放射状的色素细胞。
第四天，脑、眼睛和心脏有更进一步的发育，黑色的眼睛尤为突出。这时候心跳加速，增至每分钟200次。在身体主要血管内可以看到血液循环的情况。至于色素细胞，则开始在下腹部成两行排列。
到了第五天，身体上的鳍条已经形成，循环系统更为复杂，而心脏也由原来淡淡的颜色变为鲜红，至于卵黄到这时就显著减少了。第六天，可以看到口及鳃盖。第七天，胚胎与前一天没有太大分别，已经可以看到鳃的构造，而仔鱼的胚黄已接近消失，也就是说已经接近随时孵出的阶段，鱼卵内眼睛部分有虹彩，会闪烁发亮，从眼睛的光亮程度可以预测孵化日期。 受精卵孵化与其它小丑科一样，在日落后开始。在饲养条件下，关灯l小时―2小时后开始。如不关灯，则卵不孵化而死亡。孵化期间亮灯，孵化便停止，等第二天日落再继续，可利用此原理，把孵化时间控制在几天内。
在珊瑚礁上，孵化仔鱼可随潮流而动，从卵床上离去，在饲养条件下，因为仔鱼有被亲鱼吞吃的危险，所以孵化后需要与亲鱼分养。但是刚孵化的仔鱼体力很弱，稍微给予刺激就会被冲击而死。为了防止精心培育的仔鱼死亡，可将孵化日临近的卵连岩石一起移到另外的水族箱里。利用小水泵适当增加水的循环，可促进仔鱼孵化，提高效率，如果这样做，到仔鱼出生前（孵化前），必须保证给卵以充分的水流，但是仔鱼的游泳力很弱，卷入水中容易死亡，孵化后，需尽快停止水流。
孵化后的仔鱼，全长4．2毫米―4.5毫米，仔鱼有共同的特征：体侧消化管背面，头顶部都会有黑色细胞。仔鱼的饲养用止水方式，采用微弱通气，照明在白天与亲鱼同样，夜间则用40w萤光灯装置在水面上的0.5米的位置，全夜亮灯。停止流水饲养时的水温为25℃―29℃。水族箱壁面会茂生微小藻类，平常只要用吸管吸出死亡鱼及残渣等，不用去换水，pH也不会降至8.2以下，在约20天之内看不出有极端的水族恶化情形。孵化之后，仔鱼显示明显的趋光性，孵化66日后全长22毫米，孵化180日后全长达到33毫米―42毫米，在水族箱内继续饲养一年，但未能确认性成熟，至今未繁殖出新一代。 当幼鱼孵出之后，卵黄已经消失或昕剩无几，所以卯孵化之后，当务之急是幼鱼的饵料问题。幼鱼如果食物充足，死亡率可以降到很低，存活率可达80%左右，食物始终是繁殖幼鱼成功与否的一个关键。
刚孵化的幼鱼，绝大多数是浮游性的，由于体型过小，不能进食较大颗食物，幼鱼初期需要浮游生物（轮虫和桡虫类）或喂料丰年虾幼虫。每日将刚孵化出来的饵料幼虫，按每1mL5个的比例投喂。孵化两周后，改在同样200mL水族箱里。与巨型海葵一起用流水式养殖。从此以后三周之间投给丰年虾幼虫及碎虾肉并用，再往后就单独给予碎虾肉。
