长春市国土资源局的职能分工如下：
协助局领导进行综合协调和督促检查，负责机关政务运行和制度制定，审核文件并制发，组织重要会议和会务。职责包括秘书事务、文书档案、公共关系、提案议案办理、信访、保密、保卫，以及办公自动化和行政后勤管理。负责机关和直属单位的机构编制、人事劳动工资管理，行政监察，以及离退休干部管理工作。
2. 财务审计处
负责机关财务预决算编制，财务及会计业务管理，规章制度建设，国有资产管理，并指导下属单位的财务审计和监督。
3. 规划处
研究并制定国土综合开发整治政策，编制各类规划如土地利用、矿产资源等，负责土地供应政策和征用土地预审，监督规划执行，参与城市总体规划审核，进行综合统计。
4. 法规监察处
制定立法规划，起草法规草案，处理行政复议和诉讼，研究土地、矿产管理政策，监督农地转用、征用等行为，负责国土规划执行和重大违法案件查处。
5. 耕地保护处
拟定耕地保护政策，负责农地转用和征用审批，土地开发、复垦和土地用途管制，指导农村集体土地流转和基本农田保护。
6. 土地利用管理处
负责国有土地使用权各类交易，收购土地办法制定，土地储备库建设和土地市场规范，组织土地定级和价格确认。
7. 地籍管理处
制定地籍管理方法，负责土地调查、登记、统计工作，处理土地权属纠纷，建设和管理信息系统。
8. 矿产资源和勘查管理处
监管矿产资源保护开发，采矿审批和纠纷处理，征收资源补偿费用，地质环境和灾害防治，矿泉水、地热水资源管理，以及矿产资源储量和勘查行业管理。
机关党委根据党章规定设置。