岳阳市云溪区财政局的组织架构包含了多个职能股室和乡镇财政所。在区级层面，主要设有以下机构：
办公室，负责日常行政管理工作。
国库集中支付局，负责财政资金的支付和管理。
非税收入管理局，专管各类非税收入的征管和使用。
房改办，处理住房改革相关事务。
乡财管理局，管理乡镇财政事务。
行财股，负责行业财务管理。
农财股，关注农业和农村经济财政事务。
预算股，制定和执行财政预算计划。
国库股，确保财政资金的安全和有效运作。
社保股，负责社会保障资金的管理和监督。
资产股，管理政府资产和产权交易。
经建股，关注经济建设项目的财政支持。
农开办，助力农村经济发展。
会管股，负责会计管理和审计监督。
采购办，负责政府采购的组织和执行。
票证股，负责财政票据的管理和使用。
综合股，综合协调各项财政事务。
财监股，监督财政法规的执行和财务纪律。
评审中心，负责项目评审和财政政策评估。
在乡镇层面，云溪区财政局设有以下7个财政所，分别为云溪乡财政所、云溪镇财政所、路口镇财政所、文桥镇财政所、陆城镇财政所、道仁矶财政所和永济乡财政所，这些机构在各自管辖范围内执行财政管理职责。