根据上述职责，市国土资源局设13个内设机构。
（一）办公室
组织协调局机关日常工作，负责协调本局各科室、派出机构、下属机构的关系；负责有关综合性文件的起草、会议的组织、文电处理、秘书事务、信息综合、新闻宣传、档案、保密、安全保卫、车辆管理、后勤服务、接待以及局机关资产管理、基建维修等工作；组织抓好全局计划生育工作；负责全市国土资源系统的综合管理和信息流通。
（二）人事科
负责局机关、派出机构、下属单位的机构编制、人事、劳动工资及职称管理；负责干部职工的考核、任免、调配、退休等工作；对下一级国土资源主管部门的领导干部实行双重管理，负责县（市）国土资源主管部门正、副科级领导干部考核、任免及管理的具体工作；负责对派出机构、直属机构领导干部的考核与管理；负责办理局机关养老、医疗等社会保险手续；负责编制干部职工培训计划并组织实施培训；负责局机关及直属单位的干部职工出国（境）学习考察有关材料报批等工作。
（三）财务科
贯彻执行国家和自治区及市的财务会计制度，拟订全市有关国土资源的财务会计管理制度并组织实施；负责局机关、派出机构的财务会计工作和国有资产管理；负责国家和地方财政拨给的新增建设用地有偿使用费、耕地开垦费、土地变更调查费、矿产资源补偿费、探矿权和采矿权使用费、地质灾害调查治理费等专项经费和其他资金的财务管理；组织编制全局年度经费预算和决算工作，编制财务统计报表、统计分析；负责本局机关、兴宾分局及所属各乡镇国土资源管理所的业务经费、人员经费及其他资金的财务管理工作；负责本局的各项行政事业性收费的征收与管理；监督下级国土资源主管部门的有关收费和管理，对土地有偿使用费、探矿权采矿权使用费及价款、矿产资源补偿费等的征收和使用进行监督管理；指导和监督直属单位的财务会计工作和国有资产管理。
（四）耕地保护科
执行国家和自治区耕地保护的法律、法规和政策；承办需报国务院、自治区人民政府、市人民政府批准的各类建设项目农用地转用和土地征用、征收的审查、报批工作；承办各类临时用地的审批和管理工作；审核征地补偿、安置方案；组织批后实施工作，对征地实施过程进行监督检查；负责草拟全市土地开发整理的有关管理办法；负责全市耕地保护和耕地总量动态平衡管理；组织耕地后备资源开发，提出土地开发整理计划；负责土地开发整理项目立项、验收的审查与报批以及耕地开垦指标管理、耕地开垦资金统筹安排；组织划定基本农田保护区，组织实施基本农田保护的有关规定、制度和技术方案；负责基本农田保护的行政管理工作；监督、检查和指导县（市）的耕地保护工作。
（五）土地利用管理科
贯彻执行国家禁止和限制供地目录、划拨用地目录和建设项目用地标准；负责组织制订市本级土地供应计划；负责全市建设用地使用权出让、划拨、租赁、作价出资、转让、交易、政府收购、储备和全市建设用地供应管理工作；指导农村集体土地使用权的流转管理；负责土地分等定级、基准地价的编制、修编和标定地价评测，对土地市场地价进行监测；指导土地使用权价格评估，执行土地估价报告备案制度；负责土地资产和土地市场的管理及土地利用档案整理、移交；监督、检查和指导县（市）土地利用管理工作。
（六）地籍管理科（行政审批办公室）
负责管理和指导全市城乡地籍、地政管理工作；组织制订全市地籍工作计划及地籍管理办法；负责组织全市土地资源现状调查、动态监测、地籍权属调查、变更调查及统计；草拟全市土地确权、定级、登记发证和权属管理办法，实施土地确权；负责土地所有权、使用权登记的权属审核，颁发或更换土地证书，办理土地使用权抵押手续；参与、配合因土地确权后引起的纠纷调处工作；负责土地利用现状数据库、城镇地籍信息系统建设；负责对全市土地登记持证上岗人员和土地登记代理机构、人员进行业务指导、培训和管理；负责地籍档案的整理、保管和移交。
（七）测绘管理科
贯彻执行国家、自治区制定的法律法规，实行国家、自治区制定的行业标准和规范；负责对单位执行测绘工作法律法规情况的监督检查；编制本级测绘规划、局部地区基础测绘和重要测绘项目计划；负责本行政区域内测绘单位资格审查认证的初审、任务登记、丙级《测绘资格证书》的年检、测绘成果、测绘市场的管理工作；负责本市内测绘设施、测量标志的保护、管理和监督工作；按规定报送测绘工作情况和年度综合统计资料；监督、检查和指导县（市）测绘管理工作。
（八）国土资源规划科技科
组织编制和实施全市性及区域性的土地利用、矿产资源、地质环境、地质勘查等综合规划和其他专项规划；负责土地年度利用计划的编制和管理；依法指导和审核国土资源相关规划以及市辖县（市）土地利用总体规划；负责建设项目用地及矿业权预审和国土资源综合统计，参与报送市人民政府或自治区人民政府审批的城市总体规划的审核工作；负责监督、检查和指导派出机构、市辖县（市）的规划工作；负责编制国土资源科技工作规划及科技成果（项目）的评定、推荐、推广、合作与交流工作；负责全市国土资源科学技术管理工作。
（九）矿产开发管理科
负责采矿权的审批、登记、发证和采矿权变更、延续、注销、审批登记工作；负责采矿权招标、拍卖、挂牌、协议出让以及采矿权出租、抵押审批登记工作；负责矿业权市场的监督管理；负责审定矿产资源开发利用方案；依法进行矿产资源开发利用与保护的监督管理；负责组织对矿山“三率”（回采率、回收率、贫化率）指标进行考核与监督；负责对采矿权人开发利用矿产资源的年度检查；负责矿产资源开发利用调查统计工作；负责采矿权价款、采矿权使用费、矿产资源补偿费的征收管理及减免申请的审核；负责矿产督察员的管理工作；参与调处重大采矿权争议、纠纷。监督、检查和指导派出机构和市辖县（市）的矿产资源开发管理工作。
（十）地质勘查与地质环境管理科
依法负责对本市矿产资源、地质勘查、地质环境和地质遗迹保护、地质灾害防治进行监督管理。参与起草编制矿产资源总体规划和地质勘查中、长期规划、年度计划等有关工作，并对规（计）划执行情况进行监督检查；对探矿权设置、变更、转让申请提出调查意见；负责自治区国土资源厅委托的探矿权招标、拍卖、挂牌出让工作；负责国家出资形成的探矿权价款评估结果和探矿权使用费、价款的减免进行审核；负责地质勘查活动的监督管理；对探矿权年检进行审核；负责矿权信息系统管理和地质勘查行业综合统计工作；参与调处重大地质勘查纠纷；负责矿产资源储量地质报告的监督管理与备案申请工作；负责矿山占用矿产资源储量动态管理、占用储量登记申请及统计；负责建设工程项目压覆重要矿床的查询及评估、报名备案申请。
负责组织编制地质灾害防治规划，起草年度地质灾害防治方案和突发性地质灾害应急预案；组织对地质灾害险情进行监测；组织开展地质灾害调查；组织协调、指导监督地质灾害防治工作；负责或参与地质灾害治理工程检查和验收；负责建设项目地质灾害危险性评估报告（三级）评审备案申请；负责对矿山地质环境治理项目进行监督；参与地质灾害气象预警预报信息会商；统计上报地质灾害情况；参与草拟本市地质遗迹保护规划和认定具有重要价值的岩溶洞穴、钟乳石、古生物化石产地、标准地质剖面、地质地貌景观等地质遗迹保护区；监督、检查和指导市辖市局派出机构及各县（市）的地质勘查、矿产资源储量、地质灾害防治和地质环境管理工作。
（十一）执法监察与政策法规科
负责承办与国土资源有关的政策、规章、规范性文件的调研、起草、修改和审核工作；组织协调局有关规范性文件起草审核及备案等工作；参与本局重大行政行为的会审；组织开展国土资源管理法律法规的宣传教育。负责对全市范围内单位和个人遵守和执行国家土地资源、矿产资源、地质环境、地质灾害防治以及测绘等法律、法规的情况实施监督检查；组织开展对土地、矿产规划的执行情况以及农地转用、土地征收、征用，土地资产处置，建设用地供应，土地、矿产资源的开发、利用与保护，土地、矿产资源的登记发证，土地矿产市场和测绘行业的监督检查；依法组织查处或会同有关部门查处全市范围内重大国土资源违法案件；负责组织有关听证、行政复议、应诉等事宜；受理对土地、矿产、测绘违法行为的检举、控告；协助管理国土资源执法监察队伍；监督、检查和指导派出机构、市辖县（市）执法监察工作；负责本系统执法监察人员的业务培训及业务统计。
（十二）国土资源纠纷调处科
执行国家和自治区有关调处纠纷、信访工作的法律、法规和规章；拟定国土资源权属纠纷调处、信访工作方案；负责调处跨县（市、区）的国土资源权属纠纷，会同有关职能部门调处混合性权属纠纷；协助兴宾区调处辖区内重大国土资源权属纠纷；负责办理政府对国土资源权属纠纷作出处理决定的具体工作；负责国土资源信访工作；对县（市、区）国土资源行政管理部门的信访、调处工作进行督促、检查、指导；负责本系统调处人员的业务培训及业务统计。
（十三）纪检监察室
负责贯彻落实上级关于纪检监察的方针、政策和决定，监督检查全系统在执行党的路线、方针、政策、决议，遵守、执行国家法律、法规和国务院、自治区人民政府的决定、命令的情况。对系统内人员实行《党章》和《行政监察法》规定范围内的监督；指导全系统纪检监察工作；协助局党组抓好党风廉政建设、纠正部门和行业不正之风工作。会同有关部门对党员进行党纪、政纪教育；监督检查全系统党风廉政建设责任制的执行情况；督促、协调系统内各单位研究、制定从源头上预防和治理腐败的有效措施；监察本局招投标及土地、矿产资源交易工作；受理对检查、监察对象的检举、控告及其申诉，调查处理检查、监察对象违犯党的纪律和行政纪律的案件；完成市纪委监察局和局党组、行政领导交办的其他事项。
