（一）办公室（加挂法制科牌子）
组织协调局机关日常工作；起草工作报告和综合性文件；负责文秘、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、史志编修、建议提案、办理、机关行政后勤、接待工作；负责局机关的安全、保卫工作；指导直属单位社会治安综合治理工作；归口管理交通血防工作；拟定规范性文件；负责交通法制宣传、行政复议和执法监督工作；承办局机关的行政诉讼案件；归口管理交通行政执法。
（二）计划基建科
拟定公路、水路交通行业发展规划、中长期计划和年度计划，负责交通建设项目的预可、工可和初步设计审批、审查报批及后期评估工作；负责辖区内公路和航道养护、管理工作；负责技术改造、引资项目管理工作；负责公路水毁补助经费的核定报批工作；负责交通行业统计、预测、信息引导工作；承担交通扶贫有关工作；负责全市公路、水路交通基础设施建设的管理和监督工作；管理和监督全市公路、水路交通建设市场，维护平等竞争秩序；负责组织实施辖区内公路（包括汽车站场）、航道（包括港口码头等）工程项目建设；负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理与监督；监督管理公路、水路交通建设工程质量和定额、造价控制、竣工验收等有关工作。
（三）财务会计科
指导、监督全市交通行业的财务会计工作；制订有关规章制度并监督执行；负责交通国有资产管理和交通投、融资管理；负责资金调度、保障与拨付；负责公路、水路交通规费、通行费、过渡费的征收和管理；负责交通行政事业性收费审查报批和交通基础设施产权转让、公路收费权转让的审查报批；负责交通系统内部审计工作。
（四）运输安全科技科
负责全市公路、水路客、货运输（包括旅游运输、大件和危险品运输等）及其站场、港口、码头、车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；负责制订线路、运力、站场、港口、码头的布局和宏观调控计划；负责交通运输业户和交通运输外资、合资企业的资质审查；指导和协管运输及运输服务业价格；负责全市汽车综合性能检测、汽车（含摩托车）驾驶学校和驾驶员培训的行业管理；负责全市水上交通安全管理；负责直属单位安全生产监督管理；参与交通系统安全事故的调查处理；负责交通模范城市创建工作；管理和指导全市交通行业的科学技术工作；拟定交通科技规划和计划，组织交通重大科技项目攻关并促进成果推广；负责交通行业计算机网络管理；归口管理交通行业的标准、计量和科技信息工作；指导市交通学会工作。
（五）人事教育科
负责局机关干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；按规定管理直属单位领导干部以及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、干部教育等工作；协助有关部门组织、指导交通专业技术职务评审和智力引进工作；指导交通系统成人教育、职业技术教育等工作；负责局机关及直属单位的党务、群团、武装、计划生育和离退休人员管理服务工作；指导交通行业精神文明建设。
（六）监察室（与纪检组合署办公）
负责局机关及直属单位的纪律检查和行政监察工作；组织查处重大违纪案件；负责公路、水路治理“三乱”工作。
