招远市国家税务局机构设置包含了多个部门，其中内设8个行政科室，均为正股级。以下是各部门的主要职责：
办公室: 制定年度工作计划及发展规划，处理日常政务，负责会议组织、秘书事务、文电管理、调研、政务信息、税收宣传等，并负责后勤保障和目标管理考核等工作。
税政管理科: 负责流转税和所得税等税种的管理，包括增值税发票管理、金税工程的推广和税务稽核等，还负责税收协定执行和涉税法律事务的监督工作。
征收管理科: 实施综合性税收征管法规，处理征管事项，负责税务登记、纳税申报和税款征收等工作，还负责纳税评估和纳税服务的组织管理工作。
人事教育科: 负责人事管理、教育培训、离退休干部管理以及党建、工会等工作。
监察室: 负责贯彻执行税收法规的监督和党的纪律检查、行政监察等工作，处理违法违纪案件。
计划统计科: 负责税收计划、会计统计、税源调查和税收预测，以及税款征收信息的处理和会计核算。
办税服务厅: 提供纳税人各种涉税事项服务，如税务登记、纳税申报等。
税源管理科: 监控税源，管理纳税人，负责纳税户的税务登记和纳税辅导等工作。
此外，招远市国税局还设有直属机构稽查局，负责查处税务违法案件和专项检查，以及信息中心，负责信息系统建设和数据管理工作。另外，还有正科级的开发区税务分局和六个副科级的城区税务分局，分别负责各自的税务管辖区域。