北京建筑工程学院采用校、院两级管理，其行政机构设置旨在优化和提高效率。教学和教学辅助单位则根据学科专业以及教学科研的需求进行配置。
学院目前设有十个教学机构，分别是：
另外，有三个专门部门负责特定工作：
学院还设有现代教育技术中心和高等教育研究室，承担着成人教育、网络教学、高等教育研究以及学校评估工作，同时这些部门也参与跨学科研究，特别是城市研究领域。
北京建筑大学原名北京建筑工程学院，是北京市属高校中唯一的建筑类高等学校。70多年来，历经高工建专、中专和大学三个发展阶段。学院肇始于1936年的北平市立高级工业职业学校土木工程科。1958年升格为北京建筑工程学院，1977年经国务院批准为本科院校。2011年被确定为教育部“卓越工程师教育培养计划”实施高校。学院现已成为一所以工为主，工、管、理、法、艺等学科相互支撑、协调发展的特色鲜明的多科性高校，是北京乃至国家城乡建设的重要力量。2013年3月，经教育部批准，正式更名为北京建筑大学。