20世界50年代，伴随着人民共和国诞生的隆隆礼炮，饱受奴役与苦难的中国人民终于迎来了和平和曙光。此时，人们喜极而泣，欢呼雀跃，心头充满了对人民共和国的祝福和追求幸福的渴望。然而，一种让中国无数家庭和儿童胆战心惊的传染病——“脊髓灰质炎”，缺依然在中华大地上肆虐横行，同时也在考验着新生的共和国。为了祖国的未来，为了人民的幸福，党和政府带领人民展开了另一场与疾病的斗争。 1958年8月，国务院科学规划委员会根据中苏两国签订的重大科学技术合作计划，决定在云南建立“猿猴实验生物站”，以生产脊髓灰质炎疫苗和开展以猿猴为对象的医学生物研究工作。
1959年1月，国家科委正式批准将位于昆明西郊花红洞的“猿猴实验生物站”改名为“医学生物学研究所”。
自1959年1月开工到1960年12月竣工，在不到两年的时间内，一个建筑面积达13700平方米的包括疫苗楼、科研楼、猿猴饲养房等基础科研设施在内的共19栋楼房的生物所，一天天展现在人们眼前。
1959年三月，顾方舟、董德祥、闻仲权、蒋竞武4位青年科学家肩负着研制生产脊髓灰质炎疫苗的重任与使命，迎着西伯利亚的寒风踏上了远赴苏联学习脊髓灰质炎疫苗制备技术的征程。
1959年9月，科学家们回到了祖国。仅在3个月后，生物所便制出了I、II、III型3批疫苗，经猴体实验表明疫苗研制成功。
1960年3月，生物所生产出第一批脊髓灰质炎减活疫苗，经北京、上海、天津等11个城市的儿童服用，证明其免疫效果良好，安全性可靠。
1960年11月到1961年8月，生物所完成1500万人份的疫苗生产任务，标志着脊髓灰质炎减毒活疫苗在中国的研制成功和规模化生产的完成。
从此，伴随着中国预防控制和消灭脊髓灰质炎疾病的宏伟事业，生物所植根彩云之南。
1962年，成功实现了单价糖丸疫苗的产业化，并在全国推广使用。
20世纪80年代初，为简化免疫程序，提高儿童免疫覆盖面和有效接种率，生物所进一步研制成功二价、三价糖丸疫苗，其血清学效果达到了单价疫苗的免疫效果，为疫苗的大规模推广使用创造了条件。
1985年，与浙江省医学科学院共同承担了国家重点攻关项目“甲型肝炎减毒活疫苗的研究”
1992年，首家获得卫生部颁发的《新药证书》和《试生产文号》，开始正式生产甲型肝炎减毒活疫苗，并投放市场。这是中国第一个具有自主知识产权的病毒性疫苗，被列入国家“十年百项推广计划”，于1996年获得《生产文号》。
20世纪90年代初，利用世界银行贷款，对疫苗生产线进行了技术革新，根据欧洲GMP标准设计建造了现代化厂房，改进了生产工艺，提高了现有疫苗的产量和质量，使生物所疫苗生产跨入了世界先进行列，质量达到了世界卫生组织的同类产品标准。
1999年，为解决婴儿服用糖丸疫苗不便和效果不佳问题，提高疫苗稳定性，便于冷链运输，生物所开始研制液体剂型口服脊髓灰质炎减毒活疫苗。同年，生物所开始了冻干甲型肝炎减毒活疫苗的研制。
2000年，液体剂型口服脊髓灰质炎减毒活疫苗获得国家食品药品监督管理局颁发的药品批准文号。
2004年通过国家GMP认证并上市销售。液体型口服脊髓灰质炎减毒活疫苗，成为了儿童计划免疫的补充和改进型产品。
2006年，冻干甲型肝炎减毒活疫苗获得国家食品药品监督管理局颁发的《生产文号》。生产线通过了国家GMP认证，并于2008年1月被列为全国扩大儿童计划免疫产品。
2015年1月14日，国家食品药品监管总局发布消息，批准了中国医学科学院医学生物学研究所研发的全球首个Sabin株脊髓灰质炎灭活疫苗（单苗）的生产注册申请。
2015年1月15日下午，科技部召开新闻发布会，宣布我国自主研发的世界首个sabin株脊髓灰质炎灭活疫苗获批上市，标志着我国在此研究领域的创新成果达到了国际先进水平。
2015年6月30日，历经近30年科研攻关，我国自主研制的sabin株脊髓灰质炎灭活疫苗（单苗）于6月30日正式上市。该疫苗的上市填补了我国在脊髓灰质炎灭活疫苗生产领域的空白。
2015年12月03日，国家食品药品监督管理局发布消息，批准中国医学科学院医学生物学研究所自主研发的预防用生物制品1类新药——肠道病毒71型灭活疫苗（人二倍体细胞）生产注册申请。
2016年3月18日，全球首个肠道病毒71型灭活疫苗（人二倍体细胞）正式投入市场启动仪式在云南省昆明市举行。标志了该疫苗的正式上市。该疫苗的上市，对于有效降低EV71引起的手足口病的发病，尤其是减少手足口病的重症和死亡病例具有重要意义。
