中国出版科学研究所自1984年7月成立筹备组以来，经历了数次领导层的更迭。1985年6月至1987年8月，邵益文担任副所长，陆本瑞于同年10月被任命为副所长，但未到任。边春光于1987年8月至1989年12月担任所长，陆本瑞为常务副所长，邵益文兼任党委书记和副所长，邓从理和方厚枢也在此期间担任副所长。
1990年1月至1990年11月，陆本瑞担任常务副所长，邵益文兼任党委书记和副所长，邓从理和方厚枢同样在副所长的位置上。1990年12月至1994年9月，袁亮成为所长，陆本瑞担任常务副所长，邵益文和邓从理（1992年2月退居二线）以及方厚枢（1992年2月退居二线）继续担任副所长。洪忠炉则于1993年2月被任命为副所长。
1994年9月至1996年9月，袁亮继续担任所长，吴克明担任党委书记兼副所长，洪忠炉为副所长。1996年9月至1999年2月，余敏主持工作，兼任副所长和党委副书记，吴克明担任党委书记兼副所长，洪忠炉继续担任副所长。
1999年2月至2005年9月，余敏主持工作，兼任副所长和党委书记，郝振省成为副所长，宋英亮作为党委副书记兼任纪委书记和副所长，魏玉山则在副所长的位置上。2005年9月至2010年11月，郝振省担任所长兼党委书记，辛广伟成为副所长，宋英亮继续担任党委副书记兼纪委书记兼副所长，魏玉山成为另一名副所长。
2010年11月，中国出版科学研究所正式更名为“中国新闻出版研究院”。这一系列的领导层变动见证了研究所的不断发展和变革。
中国出版科学研究所1985年成立，隶属于中华人民共和国新闻出版总署，是全国惟一的国家级出版科学研究机构。主要为出版管理机关、出版单位提供出版理论、出版政策、出版科学等方面的支持。2010年11月25日，庆祝中国出版科学研究所25周年华诞暨中国新闻出版研究院揭牌仪式在新闻出版总署举行。新闻出版总署署长柳斌杰为更名后的中国新闻出版研究院揭牌。 中国出版科学研究所正式更为名“中国出版科学研究院”。