七台河市交通运输局是一个设有28名行政编制和3名工勤人员的机构，领导层由局长1名、副局长3名和纪检书记1名组成，科级领导包括9位科长。机构内部设有九个关键部门：
1. 办公室
负责局机关的全面协调工作，包括文秘、信息管理、督办、机要保密、档案编写以及会议组织。还负责后勤行政管理和安全保卫，以及全系统的通讯工作。此外，办公室还处理市委、市政府和局领导交付的其他任务。
2. 财务科
主要职责是制定财务和会计规章制度，指导局属单位的财务工作，并进行财务监督和资产管理，包括核算、决算、拨款及国有资产的管理。
3. 人事劳动科
负责机关及下属单位的人事、机构编制、劳动工资管理，以及局管干部的管理工作，同时指导交通行业职工队伍建设，处理职工奖惩工作。
4. 建设资金监督办公室
负责交通基础设施建设资金的监管，包括审计工作，确保国有资产保值增值和经济效益，以及投资项目的审计和资金监管。
5. 计划生产科（应急办公室）
负责交通行业战略规划、国家和地方投资项目的前期及后期工作，制定财务支出计划，进行综合统计，并处理生产计划指标和安全检查。
6. 政策法规科
负责交通政策的研究和制定，以及执法监督、行政复议和诉讼等工作，同时负责治理公路“三乱”和综合治理。
7. 交通战备科
执行国防交通政策，负责战备工作的规章制度、规划和组织，包括国防交通网络布局和应急保障方案的编制。
8. 党群工作部
负责机关和直属单位的党群工作，关注党的建设和团队精神的培育。
9. 纪检监察室
作为市纪委（监察局）的派出机构，负责局机关和交通系统的纪律检查和行政监察工作。