余干县教育局的内部机构设置清晰明了，共有六个职能股室，分别为：
办公室：承担着机关的综合管理工作，包括内外联系的协调、机关文件的处理、信访事务、信息传递，以及各类综合性会议的组织和接待工作，是连接内外的关键部门。
人事股（教师交流中心）：与教师交流中心共同办公，主要负责机关及下属单位的人事管理工作，包括教师的调配、录用，以及交流教师、待聘教师的管理。此外，他们还负责教师培训、机构编制、劳动工资、干部考察、离退休干部管理和人事档案的管理工作。
教育股：是教育规划和实施的核心部门，负责制定教育发展规划和年度计划，对全县的教学工作进行指导和管理，同时致力于推动教育系统的精神文明建设，确保教育质量。
财务股：承担着重要的财务职责，管理上级下拨的教育专项经费，并制定全县的教育经费计划。此外，他们还负责对教育系统内部进行审计，确保资金的合理使用和教育事业的财务健康。
这些股室各自独立又相互协作，共同为余干县的教育事业提供坚实的支持和保障。