一、本质不同
过境：是以某种运输工具从一个国家的境外启运，在该国边境不论换装运输工具与否，通过该国家境内的陆路运输，继续运往境外其它国家。
转运：是以某一种运输工具从一国境启运，在该国境内设立海关的地点换装另一运输工具后，不经过该国境内陆路继续运往其它国家。
通运：是以船舶或飞机装载从一国境外启运，经该国设立海关地点不换装运输工具，继续运往其它国家。
二、运输工具更换不同
过境可以换装运输工具，也可以不换；转运通常是在运输途中需要换装另一运输工具；通运是在整个运输途中，不换装运输工具。
三、通关手续不同
1、过境：在办理通关手续时，进出境手续如下：
（1）进境。进境时，经营人应填写“过境货物入境报关单”向如精细海关申报，并提供过境货物运输单据。入境地海关核实后，在有关运单上加盖“海关监管货物”戳记，将一份报关单和货物装载清单制作关封，连同运单交给经营人。经营人或承运人应将入境地海关签发的关封完整及时的带交出境地海关。（2）出境。过境货物出境，经营人应填写“过境货物出境，经营人应填写“过境货物出境报关单”并提供过境货物运输单据和入境地海关签发的关封。出境地海关核实后，在运单上加盖放行章，监管货物处境，并将一份过境货物出境报关单寄送入境地海关核销。
2、转运货物的通关手续如下（具备下列条件之一的货物可准予办理转运）：持有通运货联运提单的、进口载货清单内已注明是转运货物的、持有普通提单但于起卸已向海关声明转运的、误卸的进口货物，经运输工具经理人提供确实证件的、因特殊情况有申请转运，经海关核准的。
在有转运货物的运输工具进境后，运输工具负责人应填写“外国货物转运准单”向海关申报，提供列命转运货物的名称、数量、起运地和到达地等内容的“进口载货清单”，经海核实时候，转运货物在海关监督下换装运输工具，并在规定时间内出境。
3、通运货物的海关手续为：
装载有通运货物的运输工具到达我国第一个口岸办理国际运输工具进境申报手续时，运输工具负责人应在向海关申报的《国际航行船舶进口报告书》或“国际民航飞机进口舱单”上注明通运货物的名称、数量。海关对申报内容核实后，监管有关通运货物出境。
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