根据上述职责，市海洋与渔业局设9个内设机构：
（一）办公室(计划财务处)
综合协调局机关和直属单位相关工作，督促重大事项活动的落实；负责局机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、政务信息公开、机关内部规章制度建设等工作；负责起草重要综合性文件、文稿工作；协调局机关效能建设；组织协调宣传、信息化建设；负责局机关行政后勤事务与保障工作；负责海洋与渔业（含渔港）重大建设项目和技术改造项目的审核申报、项目建设监督管理等相关工作，组织编制部门预决算，管理行政事业经费和专项资金，承担系统统计和产业信息工作，指导、监督局属单位财务工作，负责局机关和局属单位基本建设、国有资产管理、政府采购和内部审计工作。
（二）政策法规处
拟订海洋与渔业发展战略和政策；负责重大决策合法性的论证；指导海洋管理体制、渔业体制改革和行政执法体系建设；负责推进海洋与渔业法制建设和协调依法行政工作；组织拟订海洋与渔业地方性法规、规章，提出拟订涉海法规规章的建议，负责局机关规范性文件的合法性审查；组织协调海上联合执法,监督海洋与渔业行政执法，监督行政执法责任制实施，负责行政应诉工作；组织研究维护国家海洋权益的对策与措施，承办并组织协调处理重大海洋与渔业权益纠纷，处理涉外渔事案件；负责海洋与渔业政策法规咨询和法制对外宣传、执法人员培训工作。
（三）海域与海岛管理处
负责拟订并组织实施海洋功能区划、海域开发利用总体规划和无居民海岛保护与利用规划，负责海域与无居民海岛使用的审核、论证评估、权属登记工作，依法负责管理海洋自然资源，依法负责本行政区毗邻海域采砂临时用海的监督管理，承担海域勘界工作和无居民海岛名称及其标志设置，负责本行政区毗邻海域的海洋权益争议调解，办理海域使用金征收和减免，负责海底电缆和管道管理工作。
（四）资源环境保护与观测预报处
组织拟订海洋环境保护与整治规划，拟订陆源主要污染物排海标准，拟订并组织实施总量控制制度；组织全市海洋资源环境监测、监视网络建设，负责海洋与渔业水域资源环境的调查、监测、监视和评价，并发布海洋环境质量公报和海洋专项环境信息；负责专项海洋环境安全保障体系建设工作；负责防止海洋开发和海洋工程、海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护，调查处理渔港、海洋和淡水渔业水域污染事故；负责审核新建、改建、扩建海岸工程建设项目环境影响报告书；负责核准新建、改建、扩建海洋工程项目环境影响报告书；负责海洋工程建设项目环境保护设施的“三同时”制度的监督实施及检查、批准、验收；组织开展海洋与渔业领域节能减排工作。
负责拟订海洋观测预报体系发展规划并组织实施，负责组织全市海洋观测网络建设工作，承担对海洋平面、海水入侵和海岸侵蚀灾害的调查、监测与评价，承担海洋观测、预报、评价及信息发布工作，编制海洋灾害公报，组织编制并实施海洋灾害应急预案，指导海洋灾害的海洋生态环境影响评估工作。
（五）渔业管理处
负责渔业经济调查，拟订渔业发展规划、计划，提出产业政策建议，指导渔业产业结构、布局的调整及产业化工作，负责渔业产业开发管理工作；拟订渔船、渔港相关的政策规定，承担渔港经营的审批、审核、申报与监督管理工作，监督管理渔业船舶，监督管理渔船污染物、废弃物集中收集处理；监督管理渔情信息和渔具、渔法，监督实施渔业许可制度、伏季休渔制度；指导、协调开发外海和远洋渔业工作，负责远洋渔业企业资格审核、申报工作；监督管理海域、滩涂增殖放流工作，监督管理水产种质资源开发利用、品种选育、培育及苗种生产、进出口、质量检验和检疫工作；监督管理渔业行业各类产品、饲料、渔药及其投入品、渔船、渔机产品的使用和质量与技术标准化工作；负责水产品质量安全督查工作，指导水产品加工与流通，参与品牌培育和市场体系建设；负责水产养殖病害防治网络体系的规划与建设管理，协助指导水产品市场的规划与建设，实施城市水产品菜篮子工程；负责审核、编报渔业专项建设(不包括基建)项目，组织指导渔业灾后恢复生产工作；监督管理行业安全生产，负责全市渔业突发事件应急指挥、处置、救援等综合协调和监督管理工作。
（六）科技与海洋经济发展处
拟订和组织实施海洋经济发展规划、海洋与渔业行业科技发展规划，组织实施“科技兴海”、“科教兴渔”战略；负责海洋与渔业行业重大科技攻关和高新技术研究、推广及成果转化工作，指导海洋科技创新和海洋战略性新兴产业的发展；组织实施国家海洋行业标准工作，拟订和实施地方海洋行业标准工作；负责组织海洋基础与综合调查，负责组织实施海水利用和海洋可再生能源技术研发、应用，负责开展科技服务和科普活动；负责本行业科技成果的评审、奖励审查和管理；承担涉外海洋科学调查研究活动的监督管理工作；组织综合核算海洋经济，研究分析、评估海洋经济的运行；承担海洋研究的综合协调工作，负责海洋专家组的服务工作；指导海洋与渔业行业社团的工作。
（七）外经外事与国际合作处
负责对外、对台海洋与渔业经济、技术交流，负责出国团组申报工作和涉外事务；负责筹备国际海洋周等重大国际交流与合作活动；综合管理国际合作项目，负责海岸带综合管理示范项目的管理、协调和工作计划的执行，监督各子项目的实施；指导、协助“厦门海岸带可持续发展国际培训中心”开展工作；承担PNLG（东亚海岸带可持续发展地方网络）厦门秘书处工作；负责与国家海洋局、PEMSEA（东亚海域环境管理区域项目组织）的联络与协调工作；组织与国际、国内沿海城市在海洋综合管理领域的交流与合作。
（八）厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区管理委员会办公室
负责厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区的管理工作；宣传贯彻国家有关自然保护区的法律法规、规章和方针政策；拟订厦门珍稀海洋物种自然保护区的总体建设规划并组织实施；监督检查各海洋类自然保护区管理机构履行各自职责；拟订和组织实施开发利用保护区资源优势的措施，提高其社会和经济效益。
（九）人事处
承办局党组的日常工作；协助局党组管理局机关和直属单位领导班子及干部队伍建设；负责局机关和直属单位的机构编制、人事、劳动工资的管理工作；负责出国（境）人员政审工作；负责局机关思想教育和政治学习、安全保卫、综合治理、计划生育及民兵预备役、海上交通战备工作；负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委
负责局机关和直属单位的党群工作。
