吉林大学中日联谊医院的历史可以追溯到长春市朝阳区新民大街的一处旧址。然而，随着时代的变迁，医院经历了一次重大的搬迁。这次搬迁是在吉林省和长春市政府的支持下，得到了卫生部的批准和日本政府的慷慨援助，日本政府无偿提供了26亿日元的医疗设备。这一举动体现了中日两国之间日益密切的友好关系。
医院的新址位于长春经济技术开发区自由大路，这里成为了医院发展的新起点。为了纪念这种友好合作，医院在卫生部的许可下，被重新命名为白求恩医大三院，即中日联谊医院。这一名称的变化不仅是对白求恩精神的传承，也是两国医疗合作的象征。
随着时间的推移，2000年，白求恩医科大学与吉林大学合并，医院也随之更名为吉林大学中日联谊医院，这标志着医院在学术和医疗实力上又迈上了一个新的台阶。现在的吉林大学中日联谊医院，不仅承载着历史的荣耀，也承载着中日两国在医疗领域深化交流与合作的期望。
吉林大学中日联谊医院由位于长春市朝阳区新民大街的原址迁至由吉林省、长春市政府拨地、卫生部拨款建筑、日本政府无偿援助26亿日元医疗设备的长春经济技术开发区自由大路新址，为感谢日本人民的真情厚意，医院经卫生部批准重新命名为白求恩医大三院（中日联谊医院）。2000年白求恩医科大学与吉林大学合并后医院正式更名为吉林大学中日联谊医院。