宗教事务条例第六章规定了对违反相关规定的法律责任。国家工作人员在宗教管理中如滥用职权、玩忽职守或徇私舞弊，若构成犯罪，将依法追究刑事责任；未达到犯罪标准的，将依法给予行政处分。
强制公民信教或不信仰宗教，干扰正常宗教活动，将由宗教事务部门予以纠正，涉及治安管理的将依法处罚。侵犯宗教团体、场所或信教公民权益的行为，除民事责任外，如构成犯罪，同样会追究刑事责任。
利用宗教进行违法活动，如危害国家安全、侵犯人权等，将根据情节严重程度给予刑事或行政处罚，并可能要求赔偿损失。大型宗教活动如引发安全问题，将依据相关法规进行处置和处罚，主办团体或场所需承担相应责任。
宗教团体和场所若存在未按规定登记、违背独立自主原则、接受非法捐赠等违规行为，将受到纠正、撤换主管人员甚至撤销登记的处罚。涉及宗教内容出版物的违法行为，将依法处罚直至追究刑事责任。
非法设立宗教场所或组织宗教活动等行为，将被取缔并没收违法所得，相关违法设施将由相关部门处理。假冒宗教教职人员将受到停止活动、没收违法所得和治安处罚，严重者可能触犯刑法。
违反规定修建大型露天宗教造像的，将被停工拆除并没收违法所得。宗教教职人员违规活动将取消其身份，假冒者将被处罚。
若对宗教事务部门的行政行为不满，公民有权申请行政复议或提起行政诉讼。
《宗教事务条例》已经2004年7月7日国务院第57次常务会议通过，自2005年3月1日起施行。其包括总则，宗教团体，宗教活动场所，宗教教职人员，宗教财产，法律责任，附则七个方面的内容。