1、薪资待遇有区别：
（1）对于人事代理的培养，学校会单独制定培养方案，打造一条晋升通道。在不同的时间节点安排不同的培训学习，以便入职之后能够同步学习、共同进步，是一种互相协作，也是互相竞争。所以底薪、调薪等都有具体的时间段和考察标准，相较于社会招聘人士会更宽容。
（2）而正式在编就不同，享受的工资待遇比人事代理更好，但是应聘难度大。
2、性质有区别：
人事代理是人事代理是指由政府人事部门所属的人才服务中心，按照国家有关人事政策法规要求，接受单位或个人委托，在其服务项目范围内提供人才，是实现人员使用与人事关系管理分离的一项人事改革新举措。
正式在编，主要是指大学未毕业的学生，在毕业前于公司工作。属于学校聘用的正式员工。
3、工作的范围不同
正式在编包括：行政管理和技术人员，材料采购、保管和驾驶各种机械、车辆的人员，材料到达工地仓库前的搬运装卸工人，专职工会人员、医务人员以及其他由施工管理费或营业外支出开支的人员的工资。
而人事代理包含：个人从事设计、装潢、安装、制图化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、新闻、广播、审计、书画、雕刻、影视录像、演出、表演、代办服务以及其他劳务取得的所得。
4、工作内容不同
人事代理，即对被审计单位的内部控制政策和程序的设计是否适当所进行的审计程序。
正式在编，即被审计单位的内部控制政策和程序是否发挥应有的作用。如果被审计单位的控制政策和程序未能发挥其应有的作用，即使设计得再完整，也不能减少财务报表中出现重大错报或漏报的风险。
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