根据以上职责，市城乡建设委员会、市城乡建设工作委员会设18个内设机构。
(一)办公室(与工委办公室合署)。
负责组织协调政务工作和对外联络；拟订机关各项规章制度并组织实施；负责会议组织及政务督办、文书档案、保密、安全保卫等工作；负责信访、综治维稳工作；负责人大代表建议议案、政协提案的办理工作；负责机关财务、固定资产(采购)管理、信息化建设；负责政务窗口管理，参与政务公开工作；承办工委日常事务。
(二)综合调研处。
组织编制城乡建设事业发展战略和中长期规划；组织开展城乡建设发展重大课题的调查研究和政策研究工作；负责城乡建设各专业统计报表的收集汇总，以及城建经济总体运行情况综合分析；负责城乡建设工作动态、重要信息的收集综合及报送工作；组织综合性文稿的起草工作。
(三)法规处。
组织起草城乡建设法规、规章草案；负责有关规范性文件的合法性审核工作；负责行政复议和行政诉讼案件的有关工作；负责行政执法的监督检查；组织法规、规章的学习、培训、宣传工作和普法工作；负责组织政务公开工作。
(四)建设项目前期工作处。
组织城乡建设项目储备库的建设和管理；组织编制城乡建设项目近期建设实施规划；参与年度实施城乡建设项目决策；组织编制和审查城乡建设前期项目的项目建议书和可行性研究报告；协调城乡建设项目可行性研究阶段勘察设计工作；负责城乡建设项目可行性研究阶段征地拆迁初步摸查和提出安置需求建议；负责联系规划等相关部门。
(五)计划资金处。
参与城乡建设项目的项目建议书和可行性研究报告审查；组织编制城乡建设固定资产投资计划并监督执行，统筹编制城市道路、公路和市容环境卫生等城乡基础设施年度建设计划；负责城乡建设资金的统筹管理和使用监督；参与提出年度城市维护建设资金安排总盘子；协调相关投资主体的城乡建设项目计划与投融资工作；负责城乡建设项目投资控制；负责城乡建设项目初步设计(含概算、设计变更和概算调整)审查并审批；协调城乡建设项目工程变更审批工作；协调城乡建设项目结算和决算；统筹城乡建设项目绩效评价工作；负责政府投资项目审计协调工作；负责城市配套设施建设费征收的监督管理。
(六)路桥建设处。
组织实施城市道路、桥涵、隧道(含照明、管线走廊、交通标志及指挥控制系统等附属设施)项目建设(含新建及大中修和改扩建)。参与项目初步设计审查；负责项目的工程协调和进度控制；协调相应项目的报批工作；协调项目征地拆迁和项目招标工作；负责相关项目工程变更审批；协调拨付工程进度款；参与工程结算和决算；监督工程竣工验收和移交；负责相应项目绩效评价工作；负责轨道交通建设的监督管理。
(七)公共设施建设处。
组织实施市容环境卫生、公共停车场等市政公用设施及大中型公共建筑项目建设(含新建及大中修和改扩建)。参与项目初步设计审查；负责项目的工程协调和进度控制；协调相应项目的报批工作；协调项目征地拆迁和项目招标工作；负责相关项目工程变更审批；协调拨付工程进度款；参与工程结算和决算；监督工程竣工验收和移交；负责相应项目绩效评价工作；负责燃气行业设施建设的监督管理；负责电力、铁路、部队、通信等建设的综合协调工作。
(八)公路建设处。
组织实施公路项目建设。参与项目初步设计审查；负责项目的工程协调和进度控制；协调相应项目的报批工作；协调项目征地拆迁和项目招标工作；负责相关项目工程变更审批；协调拨付工程进度款；参与工程结算和决算；监督工程竣工验收和移交；负责相应项目绩效评价工作。
(九)城市环境建设处。
组织实施城市环境建设工程项目(含立面整饰、光亮工程、“三线”下地等)。参与项目初步设计审查；负责项目的工程协调和进度控制；协调相应项目的报批工作；协调项目征地拆迁和项目招标工作；负责相关项目工程变更审批；协调拨付工程进度款；参与工程结算和决算；监督工程竣工验收和移交；负责相应项目绩效评价工作。
(十)村镇建设处(挂市农村中心镇建设办公室牌子)。
拟订村镇建设、农村住房建设政策并组织实施；提出村镇建设中长期发展规划和年度计划建议并组织实施；统筹农村中心镇村建设项目的计划安排并监督执行；负责市农村中心镇村规划建设联席会议的日常工作；指导村镇建设和城市化工作；指导小城镇和村庄人居环境的改善工作；组织村镇建设试点和推广工作；参与社会主义新农村建设工作；参与历史文化名城名镇名村保护工作。
(十一)房地产开发建设处。
拟订房地产开发建设管理的政策并监督执行；负责房地产开发建设行为的监督管理；负责房地产开发企业资质管理；负责房地产开发项目手册管理；监督房地产开发项目公共配套设施建设；组织协调处理跨部门的房地产项目历史遗留问题；参与城市地下空间开发利用管理。
(十二)建筑业管理处。
拟订建筑业管理的政策并监督执行；负责建筑业企业资质核准；负责工程监理、工程质量检测、招标代理、造价咨询等建设市场中介服务企业从业资格和执业注册人员资格的审核及监督管理；拟订规范建筑市场各方主体行为的规章制度并监督执行；负责有形建筑市场建设和监督管理；负责建筑市场信用体系建设；负责外地建筑业企业及相关企业进穗从业的监督管理；负责房屋建筑、公路及市政基础设施工程招标投标、合同签订及履约的监督管理；负责建设工程造价管理；协助处理建筑行业农民工工资清欠工作。
(十三)工程质量安全处。
拟订房屋建筑、公路及市政基础设施工程质量和安全文明施工管理的政策、规章制度并监督执行；负责工程质量的监督管理；负责工程施工许可管理；负责新型墙体材料和散装水泥、预拌混凝土、预拌砂浆及其他建筑材料使用的监督管理；负责工程现场安全生产、文明施工监督管理和应急管理；负责建筑施工企业安全生产许可的监督管理；负责工程现场建筑机械设备安全使用的监督管理；参与工程建设重大质量、安全事故的调查与处理；负责建筑施工阶段节能的监督管理和项目节能验收管理；负责工程竣工验收备案；指导建设工程评优工作；参与“三防”工作。
(十四)建筑节能与科技设计处。
拟订建设行业科技发展规划、计划并监督执行；指导建设科技成果转化推广；负责建设行业新技术、新工艺、新材料、新产品的推广工作；拟订勘察设计行业的管理规章并监督执行；负责组织对工业与民用建筑项目初步设计审查并审批；负责超限高层建筑工程抗震设防审查管理；负责外地进穗建设工程设计企业的监督管理；负责勘察设计市场招投标监督管理；负责勘察设计企业资质核准；组织拟订民用建筑节能和绿色建筑地方性技术细则并监督执行；负责民用建筑节能、绿色建筑资金的统筹管理；负责民用建筑能耗统计、审计和能耗监测平台建设及维护管理。
(十五)财务与经济合作处。
负责部门预决算审核汇总及其有关绩效评价工作；参与政府投资项目审计协调工作；组织直属事业单位的领导干部经济责任审计和年度财政、财务收支审计工作；指导监督直属事业单位的财务、审计、资产和收费年审等经济管理工作；指导监督建设工程劳动保险金管理工作；负责对外经济技术交流与合作。
(十六)组织处(与人事处、机关党委办公室合署)。
负责机关和指导直属单位的干部人事管理、机构编制、劳动工资、外事、计生、党建、统战和工青妇等工作；组织行业的职称改革及专业技术资格评审工作。
(十七)宣传教育处。
编制本系统宣传、教育培训规划并组织实施；负责建设行业从业人员继续教育、岗位和技能培训、职业技能鉴定等管理工作；负责建设行业执业注册类管理工作；负责组织新闻报道、网络宣传工作；组织本系统评先、评优、评模工作；负责市建设职工思想政治工作研究会的日常工作。
(十八)离退休干部工作处。
负责机关离退休干部管理服务工作；指导直属单位离退休干部工作。
