一、行政科室
1、办公室
负责协调机关日常工作和督查督办，组织重要会议，负责秘书、机要、保密、文印、档案、政务信息与宣传、外事、财务会计等工作。
2、政工科
负责干部任免、调配、考核、公务员管理、职称评聘、劳动工资、教育培训、思想政治、纪检监察等工作。
3、检务科
负责全局检验检疫业务的统计上报；负责出入境检验检疫业务的报检、计费、放行、签证工作和“三电工程”建设有关工作；负责普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作；负责全局检验检疫证单及签证、印鉴管理、流程管理及证书质量管理工作。
4、综合业务科
负责检验检疫法制工作及执法督查、稽查工作，负责行政处罚、司法调查接待、退运货物调查处理和法制宣传教育工作；负责进出口食品生产企业卫生注册登记和质量许可工作，组织实施工厂条件审查和获证企业的换证复查；负责全局的科技管理、局科技资料室的管理以及仪器设备管理工作；负责全局绩效考核工作。
5、卫生、动物检验检疫科
负责辖区内出入境卫生检疫、卫生检测，收集国内外传染病疫情信息，负责传染病监测体检与预防接种，负责进出口食品的卫生、质量检验和日常监督管理，负责协同有关部门调查违法违章行为，调查重大检验检疫问题，负责对认可检验检疫员和机构的业务指导和管理工作，研究提出业务工作计划和有关检验检疫、监管方法；负责辖区内出入境动物及其产品和其他应检物的检验检疫和日常监督管理，收集动物疫情信息，负责对进出口动物及其产品的生产、加工和存放等单位的卫生、检疫注册登记进行咨询、复查及日常监管工作。
6、植物检验检疫科
负责辖区内出入境植物及其产品和其他应检物的检验检疫和日常监督管理，收集植物疫情信息，负责对进出口植物及其产品的生产、加工和存放等单位的卫生、检疫注册登记进行咨询、复查及日常监管工作，负责协同有关部门调查违法违章行为，调查重大检验检疫问题，负责对认可检验检疫员和机构的业务指导和管理工作，研究提出业务工作计划和有关检验检疫、监管方法。
7、轻工纺织检验科
负责进出口轻工、纺织商品的法定检验、鉴定和监督管理；负责出口一般包装和危险货物包装的性能鉴定和使用鉴定；负责对出口质量许可的条件审查和日常监督管理；负责协助有关部门调查违法违章行为，调查重大检验质量问题。
8、机电化矿检验科
负责进出口机电、化矿、金属材料及其制品、车辆等商品的法定检验、鉴定和监督管理，负责办理外商投资财产价值鉴定，负责进出口质量许可的咨询、复查及日常监管工作；协同有关部门调查违法违章行为，调查重大检验质量问题。
二、事业机构
临沂检验检疫局综合技术服务中心
承担出入境检验检疫的实验室检测，开展体系咨询、研究咨询及检疫风险分析工作，承担科研与技术开发服务和标准的制修订，负责检疫卫生除害处理等工作。负责机关后勤保障服务，管理所属经营服务。
