农村合作医疗卡补办流程：首先预约挂失。挂失分为口头挂失和书面挂失两种方式。其次正式挂失。预约挂失后办理正式挂失，预挂失期间如果找到了社保卡，可以取消挂失。最后办理补卡。在新农合服务网点，填写申请单，工作人员会开具一张领卡证明，在十五个工作日后可携带此证明到新农合服务网点领取新卡。农村合作医疗卡丢了需要去县卫生局新农合办公室补办，参保人持有户口本或身份证，即可申请办理农村合作医疗卡。通常是当天办理，当天就可以领到新卡，但如果有特殊情况，区农村合作医疗办也会给大家在规定的时间内进行新卡补办。参合农民可以选择不同医院就诊，一般采取就近原则，选择不同医院的报销比例也有所不同，一般对住院患者的报销比例比较大，可以分为慢性病、特殊病种、意外伤害的情况采取不同的报销比例，可以在一定程度上避免因病致贫、因病反贫的情况。办好合作医疗卡后，参合人员应仔细核对卡上的姓名、家庭住址是否正确，如发现存在错误的，应及时与乡镇卫生院合管科工作人员联系更改。就医时请随身携带合作医疗卡。参合农民携此卡可在新农合定点医疗机构获得相应医药费用的报销，实行现场即时结报。请广大参合农民妥善保管好合作医疗卡，不要将其放在乡村医生或他人手中，以免他人利用合作医疗卡套取新农合基金，影响您的正常受益。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
