1、考查方式不同。
全过程跟踪审计会定期或不定期的到现场看施工情况，记录并做些影像资料，特别是对一些隐蔽工程的实际情况做真实性的反应，而工程造价审计一般只能根据结算资料来确定结算价款。
2、含义不同。
全过程跟踪审计，是指独立的审计机构和审计人员（含配合审计部门协审的社会中介机构和专业人员）运用审计技术，依据国家的有关法律、法规和制度规范，对建设项目从投资立项到竣工交付使用各阶段经济管理活动的真实、合法、效益进行审查、监督、分析和评价的过程。
工程造价审计是指按照国家或行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一的对全部项目进行审查的方法。
3、作用不同。
全过程跟踪审计可以分时段分内容地进行动态审计，使审核思路更清晰，可缓解短时间内处理大量数据的压力。另一方面，跟踪审计可以分析前后阶段互相影响的关联因素，可以动态地监督全寿命过程各阶段的运作。
由于工程造价审计具有法律地位的公正性、审计业务的专业性，所以可以对业主委托的建筑财务审计起到事先审核、事中把关、事后清楚的作用。
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