日本官方报纸更大肆进行恶意宣传。6月10 日大阪《每日新闻》胡说什么“目下南京对于日本官兵之压迫，非常识之至，中国宪兵队针对于日本人，皆有便衣侦探跟随，电话亦一一窃听。尤其甚者， 6月3日今村第三舰队司令官，在中山门受宪兵检查身体之侮辱事件，须磨总领事方向中国警告，故对藏本事件中国之态度，以疑惑视之”。 6月12日《每日新闻》声称：“藏本事件……中国之无诚意，固不待言，……现在我总领事馆已认定藏本系被何人杀害，不论证据之有无，以藏本氏失踪之俨然事实为根据，决定正式抗议。 6月13日《每日新闻》更捏造说：“藏本失踪尚无物的证据，犯迹已被其巧妙的湮灭，该犯行动系有充分计划的行为，实为明白。我当局及有关方面已大致推定，在藏本事件之背后，有当首都警备之冲、负保护外人责任之宪兵司令部内的多数宪兵，实堪惊异，……由领事馆至藏本宅，其问有四十丈之谱，一边为荒野，一边为桑园。犯行之地大概在此。据当局之推定，藏本通过此地时，由背后现出一穿中山装之巨汉 (该巨汉最近一星期曾跟随藏本之后)，或将藏本绑去，或予以不意之打击，而使之倒地，并巧妙地将一切形迹湮灭，该处常有宪兵站立。关于此事，宪兵决无不知之理……”捏造得绘声绘色，真像煞有其事一般。
日本外相广田弘毅6月12 日在内阁会议上也威胁说：“藏本事件系在中国国都警备严重之区域公然对我总领事馆员之行为，不论加害者之动机如何，实关系帝国威信之重大事件，故须彻底纠缠南京政府之责任。帝国政府保留最后行动之自由，并要求中国自行着手探索藏本。若对于该提议中国政府不表示诚意，帝国政府第二阶段之行动，即认中国为无组织国家之常例，无搜索之能力，我派出之官吏，当举行实力搜索。若达最恶之场合时，当使我陆战队员实力搜索之责任。帝国政府依照惯例，对于关系列国，通告我方所取一切手段为公正妥当。由中国方面或由我实力搜索之结果，判明事件真相后，当使我有吉公使与国民政府开始正式谈判，提出下列之条件：一、国民政府之正式谢罪。二、加害者之严重处罚。三、严正之损害赔偿。四、对于将来之保障。”
显然，日本军国主义者企图以藏本“失踪”事件为口实，挑起冲突，扩大对中国的侵略。南京政府接到藏本“失踪”的消息后，立即全力投入了紧张的搜寻。警备司令部在南京各家报纸刊登大幅广告，悬赏寻人，宣布“无论何人，如能将该副领事藏本英明氏直接寻获，赏洋一万元，能知该副领事踪迹，报告本厅部因而寻获者，赏洋五千元”。同时，首都警察厅在接到藏本“失踪”消息后，立即于当天上午开始，布置严密的搜查。警察连日出动，先在南京市内人口稠密的地区以及外国人常来往的地方仔细搜索，毫无踪影。接着又向四郊及中华门外通往芜湖的公路、沿江地带，命令所属各警察局分头搜查。 6月12日又向各区警察指示搜查标准为：1．形迹可疑者；2．方言不通者； 3·面貌奇异者；4．似有神经病状态者。凡上述四种人，皆须注意。一时南京全城鼎沸起来，但却始终没有发现藏本的踪迹。
6月13日清晨5点多钟，住在明孝陵附近的总理陵园管理处工头张燕亭起身小解，看见门外有一个人走来向他要水喝。这个人蓬头垢面，却穿着沾有泥土的西装，形容疲惫。张燕亭感到可疑，联想起近日报载日本副领事藏本“失踪''的事，顿时警惕起来。张燕亭给他倒了杯水，该人喝了水以后，道了声“谢谢”，转身出门向山上走去。
张燕亭立即叫陵园工人郝正林跟踪上山，看住那个人。郝正林独自一人不敢上山，又叫了陵园工人魏宗青陪同上山。同时，张燕亭立刻让副工头带班，自己跑到陵园办公室打电话，通知警察厅特警课值日官，赶快派人前来辩认，是不是藏本英明。上午 10点多钟，来了一个身穿长衫的人，找到张燕亭，说明他是警察厅派来的。张燕亭立即向他介绍了情况，随即与郝正林一同带领他上山。上午 11点多钟，在明孝陵后山仔细搜寻时，果然发现有一个人横倚在树下，显得非常疲惫。张燕亭等便走上前，问他姓名。这个人支支吾吾，欲言又止。警察厅探员立刻取出随身携带的藏本照片，发现面前的这个人果然就是警厅正要寻找的藏本。于是，他们告诉他，自从他“失踪”后，中国政府正全力寻找他，请他立刻随他们下山。藏本最初不肯下山，经各人婉言劝说，方才答应，这时已是下午两点多了。
藏本被“送”到警察厅时，警厅厅长陈焯已得到消息在办公室里等他了。他们本来就在官场多次见过面，彼此相识，然而在这种场合下相见却是第一次，藏本竟激动得哭了起来。坐定后，陈焯叫人拿来一些牛奶和饼干，藏本已经几天没有进食，连连喝了两杯牛奶，还喝了一杯汽水。陈焯等他吃完，才开始询问他这几天“失踪”的详情。
原来，6月7日那天，日本驻华公使有吉从日本来南京，8日晚上离开南京去上海。有吉走的时候，藏本本来也要与其他书记官一同去车站相送，因汽车坐不下而作罢。有吉走后，藏本即离开领事馆，雇了一辆人力车，叫车夫拉到中山门外。这时已是夜里 10点多钟，车夫拉到中山门后，不肯出城。藏本下车后只得独自步行出城，沿着陵园大道向中山陵方向走去。快到中山陵时，藏本折入树林中，向紫金山上走去。藏本为什么在这个时候要登紫金山?据他自述是企图自杀。登上紫金山顶以后，俯视山下，只见城里万家灯火，不由得百感交集，心里充满了难言的苦衷。他默默地将双手合十，向城里的妻子、儿女告别，然后把身上的几张名片及照片，用手帕包起，扎在山顶的三角形木架上，作为曾到过这里的标志。这时，忽然听见不远处有一只不知是豹还是大野猫一类的野兽吼叫声，藏本脱去衣服，卧倒地下，准备一死。不料这只野兽来回数次，没有发现他，却去追逐其他小动物了。第二天 (9日)，因为饥渴，他曾到山下找水喝，但没有找到山泉。只得再回到山上。第三天 (10日)更加饥渴难忍，不得已，他下山到一座茶馆吃了一些茶。第四天 (11日)，他又来到明孝陵前新开的顺兴亨号茶馆吃茶，并吃火腿面一碗，吃完还买了一包大英牌香烟，一包瓜子，直到下午 4、5点才离去，临走时又买啤酒一瓶，合计大洋一元，铜元四枚。但这时藏本身上并无现金，便欲将西装的一付金钮扣解下来抵押，茶馆女主人坚持不肯要，说：“先生既是忘了带钱，下次来时再给就行了。”藏本回答说下次未必会再来了，坚持将钮扣留下而去。
因为藏本说的是一口流利的中国话，所以没有引起茶馆老板娘的注意。藏本离开茶馆后，由明孝陵登山，在明太祖墓所在的后山上发现一个洞，洞很小，仅能容一人，头还须露出。洞的四周长满了杂草，因此非常隐蔽。藏本就在附近折取野草树叶，略将洞底铺垫，当晚即在此休息。
藏本在叙述的时候，外交部亚洲司司长沈觐鼎、情报司司长李迪俊、警备司令谷正伦、行政院秘书长褚民谊、参谋本部厅长徐培根等人也陆续来到，他们和藏本原来都相识，便对他略加劝慰。藏本边说边流泪，当问到他为何要出走时，藏本不愿谈，仅表示：“贵国无负于我，我亦无负于贵国也。”有人问藏本：“你要自杀便罢了，为什么要如此躲躲藏藏呢 ?”藏本无言以对。又有人告诉他：“自从你失踪的消息公布后，你的老母亲在日本终日老泪纵横，你难道不以此为念吗 ?”藏本听了，当即跪下，双手举过顶合十，连呼“阿弥陀佛”，泪流满面，痛苦不已。
下午4点多钟，藏本由沈觐鼎送至外交部，随后由日本领事须磨领回日本领事馆，在领事馆稍事休息后，由领事馆派人送回阴阳营 62号住宅，与其夫人丽子会面。
夫妻二人见面时抱头痛哭。藏本事件真相大白，日本所捏造的谎言被戳穿，使日本政府处于十分狼狈的境地。为了掩饰其空前的耻辱，日本外务省发表谈话声称，中国当局“对于发现后疲劳的藏本氏，强制的使其陈述，又不使我官员到场”，谎称藏本“身心俱缺乏平静，陈述亦不明嘹确实，故关于今后之措置，俟藏本之心身回复后，调查事情，再行考虑”。企图经过一段时间后，在日本方面的威逼之下，推翻原词，一口咬定系中国人绑架所致，则日本不但可以清洗自己的耻辱，而且还可以借此向中国政府耍无赖。但藏本坚持自己的说法，藏本事件就这样不了了之了。
