广州市海珠区地方税务局设有多个关键部门，各司其职，确保税务工作的高效运行。
首先，办公室承担着日常政务处理、档案管理、保密、信息及督办等工作，负责文件起草、审核，会议组织和税法宣传，税收调研，并制定内部规章制度。此外，还指导税务学术团体和负责行政经费、设备、房产管理以及后勤保障。
税政科则负责监督执行税收法律、法规，检查地方税收政策执行情况，对税政问题进行调查研究，并解释和处理执行中的业务问题，同时与登记、稽查系列和纳税人服务中心保持密切联系和协调。
计划征收科致力于收入计划的落实和分析，负责编制年度计划，监管重点税源，管理税收会计、统计信息，并负责地方税的征收工作，催缴逾期申报的纳税人，并协助处理税务登记事项。
政策法规科和征收管理科负责行政复议、诉讼应诉、执法检查等，审核税务登记注销，对委托代征代售进行审核，参与发票管理和12366-2疑难问题解答，确保纳税服务工作的顺利进行。
信息管理科主要负责技术支持，包括计算机系统建设和维护、税收信息处理、办公自动化系统维护，以及信息化工作的培训和数据分析。
人事教育科负责干部人事管理、离退休人员事务、思想政治工作和精神文明建设，以及机关党务、教育培训和安全保卫等工作。
监察室负责党风廉政建设、行风建设、执法监察和预防职务犯罪，对廉政工作平台进行检查监督，处理执法和行政管理权的监督，以及处理信访举报和基建工程审计。
最后，规费管理科专责社保费的清欠工作，制定社保业务规程，解释和宣传相关税收政策，推广社保网上申报，并负责社保数据的核实和处理。