城市建设管理局内部机构设有五个核心部门，以确保高效执行职责。
首先，办公室承担着机关日常事务的管理，包括业务综合、党务、人事、劳动工资管理。按照干部管理权限，它负责领导层的建设。此外，办公室还负责信访、老干部服务、文电管理、信息传递、档案保管、安全保卫、保密工作，以及精神文明建设、后勤保障和对外接待等行政事务。
计划财务科主要负责制定公用事业的发展策略和中长期规划，包括技术引进计划、年度投资计划和外资引入。科内还负责项目立项审核、行业计划统计和财务会计改革措施的制定，城市基础建设费的管理，以及机关财务的监督和指导。
政策法规科负责研究和制定城建系统的体制改革方案，解释和清理政策法规，监督城市综合执法，处理行政复议和诉讼，进行体制改革政策调研，并负责法制宣传和执法人员培训工作。同时，他们还负责行政审批制度改革。
城市建设科制定环卫、市政和园林的长期规划，指导相关工作的进行，并对经营承包指标进行设定，对生产调度和指标考核进行管理。科内还负责城市道路、设施、排涝防汛和城市路桥收费站的管理，以及业务技术标准和相关企业资质的审查，以及城市绿化、市容整治和环境卫生的整体指导。
最后，公用事业科负责燃气、热力和公共客运交通的监管，参与土地利用总体规划的审查和重大工程选址。此外，他们负责历史文化名城名镇的审批监督，风景名胜区的定级和规划工作，城市雕塑布局和城建档案的管理。