扬州市人民政府法制办公室设有五个职能处室，均为正科级建制：
负责机关的文电、会务、机要、档案、接待等管理工作，以及财务、后勤、资产管理等。协助协调各处室间工作，处理机构编制、人事、工资、退休干部事务。对文件进行统一管理，包括登记、分办、催办和督办。制定工作制度和年度计划，负责政府法制宣传，编印《扬州市政府法制》简报，并联络商事仲裁机构。
负责市政府规范性文件的制定计划，起草或组织起草重要文件，审核各部门的草案。负责文件的解释和备案工作，清理编纂正式文本。参与法律、法规草案征求意见，建立并实施调研、听证和专家咨询制度，为机关部门提供法律指导，审定重要规范性文件的英文正式译本。
负责行政执法监督，制定相关制度，监督法律执行情况。指导、督查行政执法责任制，研究行政问题并提出改进建议。审查县（市、区）政府和部门的规范性文件与重大行政处罚案件，处理行政执法矛盾，管理行政执法证件和证件监督，处理投诉举报等。
负责处理行政复议案件，应诉市政府案件，监督指导全市工作。审查规范性文件，处理违法行为，管理行政复议人员资格，审查重大决定，上报案件统计，处理行政赔偿和补偿事务，建立执行情况检查报告制度。
作为依法行政工作领导小组办公室，负责规划制定、组织指导、协调监督全市依法行政工作，考核政府各部门的依法行政工作，进行相关理论研究和交流。