清华大学生物医学工程系专注于多个前沿领域，包括生物芯片、神经工程、生物医学影像和微纳医学。该系拥有一支强大的师资队伍，现有专职教师25人，其中包括1位中国工程院院士，2位IEEE Fellow，2位长江学者特聘教授，以及2位杰出青年基金获得者，显示出深厚的学术实力和研究能力。
经过三十载的辛勤耕耘，生物医学工程学科已建立了完善的本科和研究生教育体系。实验室设施先进，提供了近20门高质量的专业课程，涵盖了专业基础和专业深化的内容。系内已出版20多部教材和专著，其中3部被教育部列为“全国研究生教学用书”，2部荣获“北京市高等教育精品教材”殊荣，显示出深厚的学术底蕴和教学成果。
在课程建设上，本系有4门课程被评为“清华大学精品课”，表明其在教学领域的卓越表现。培养的学生凭借扎实的专业知识和严谨的学术态度，赢得了国内外同行和业界的广泛认可。毕业生足迹遍布全球，有成为国际知名大学教授的，也有在国内医疗仪器产业崭露头角的领导者，更多成为教学、科研、国防和产业界的中坚力量。
特别值得一提的是，该系毕业生徐航创办的深圳迈瑞公司成功登陆美国纽约证券交易所，成为我国最大的民营医药企业，这彰显了清华大学生物医学工程系对学生创新能力和企业实践能力的培养成效显著。
清华大学生物医学工程系 1979年创建于清华大学电机工程系，是国内首批建立的生物医学工程学科点之一。