龙岩市人民政府机关事务管理局设有多部门以高效管理各项事务。其中包括:
办公室 主要负责全局的政务协调，组织重要会议并督办议定事项，编写综合文件并进行审核，制定和执行规章制度。此外，办公室还负责人事管理、行政事务、效能建设、廉政建设，以及文秘、信息、档案、保密、信访、接待和离退休人员的管理工作。他们还负责机关后勤人员的技术等级培训和职称评定，以及省机关后勤协会龙岩分部的日常事务。
财务管理科 是财务核心部门，严格执行财经纪律和财务制度，负责行政、基建、车辆等经费的预算和决算。他们负责经费跟踪落实、车辆维修经费管理，参与基建工程合同签订和验收，并确保现金安全。此外，科里还负责礼品礼金的登记、处理和国有资产的管理。
房地产管理科 负责市委、市政府机关的房地产管理和相关规章制度的制定。他们管理行政用房、直管房的基建、调配、产权等，并负责办公场所租赁、房改方案的实施以及大院内的水电供应、绿化和环境卫生等工作。
车辆管理科 贯彻车辆管理规定，负责车辆编制、报废、保险等事务，负责公务车辆的购置、更新和调度管理，同时负责车辆改革方案的制定和车牌号的管理工作。
保卫科 主要负责市委、市政府大院的安全保卫，维护机关秩序，协调各单位安全保卫工作，保障重点部门的安全，并参与大型活动的安全保障工作，以及计划生育工作。