甘南县人力资源和社会保障局内部设有多个职能机构，确保各项工作的有序进行：
1. 公务员管理办公室 负责公务员的职位管理、考核、职务变动等，包括审核事业单位参照公务员法管理事宜，实施职位分类和非领导职务设置，维护公务员信息库，组织荣誉制度和政府奖励制度，监督公务员行为，并处理相关事宜。
2. 劳动监察股 制定劳动关系政策，监督企事业单位劳动用工，执行工作时间、特殊劳动保护政策，协调劳动关系，负责劳动监察和重大案件查处。
3. 工资福利股 执行工资、津贴补贴政策，负责机关事业单位工资审批和福利工作，处理退休、工龄计算及技术人员岗位聘任等事务。
4. 信访仲裁股 制定仲裁工作规范，处理劳动人事争议，监督人力资源和社会保障信访工作，负责受理和协调各类信访事项。
5. 财务与基金监督股 负责社保基金预算，监督资金管理，查处基金管理违规行为。
6. 社会保险股 制定并实施社保改革方案，负责社会保险待遇审核和退休审批等工作。
7. 事业单位管理股 指导人事制度改革，负责事业单位岗位设置、安置转业干部、人力资源市场管理等工作。
8. 职称与职业技能开发股 推进职称制度改革，负责专业技术职务资格审批和职业技能培训、鉴定等工作。
9. 办公室 负责全局的综合协调、政务公开、后勤保障、精神文明建设和党建工作。