学校以生为本，从学生实际出发，适应新课程改革，成功申报了国家级课题《问题·探究·发展教学模式的实践与研究》和国家哲学社会科学“十五”规划课题——《信息技术与素质教育实施研究》，成为国家级“科研兴教示范基地”。根据学校办学特色，成功申报了省级课题《艺术教育与全脑开发》和市级课题《创建艺术教育特色学校的理论和实践》。学校现有各级立项课题 73 项，其中国家级课题 3 项，省市级课题 8 项，区级课题 62 项，形成了以国家级课题《问题·探究·发展教学模式的实践研究》为龙头，省市区级课题为依托的“教改理论平台”和“教改操作平台”，“问题 ? 探究 ? 发展教学模式”已成为该校课堂教学的主要模式。 2004 年学校教师出版专著两部，发表和获奖论文 68 篇。学生获得省级生物、物理、数学竞赛二等奖 2 项，三等奖 2 项，获得广州市番禺区各项竞赛奖 62 项，学生发表文章 179 篇。学校被评为番禺区教育技术装备管理工作先进单位，教育科研成果和办学经验被珠江电视台、广州电视台、番禺电视台、番禺日报等媒体推介报道，“科研强校”已形成强劲发展态势，办学效益突出。
由师范学校改制成普通高中的头三年，禺山高中招进的高一新生文化成绩都较低，但就在生源水平偏低的基础上，禺山高级中学实现了跨越式发展，四年四大步： 2001 年成为区达标学校， 2002 年成为区一级学校， 2003 年成为广州市一级学校， 2004 年 4 月 28 日顺利通过广东省一级学校评估。 2003 年首届高考即打响第一炮：高考总上线率为 96.7% ，名列番禺区第二，并一举夺得番禺区两个学科状元，其中梁淑芬同学以 810 分并列广东省第8名、广州市第四名，夺得番禺区生物学科状元；屈肖娴同学以 733 分夺得番禺区英语Ⅱ学科状元。 2004 年高考再创佳绩，上本科线 211 人，占高一新生入学人数的 47.1% ，上大专以上学生占高一新生入学人数的 96% 以上，上重点线和上本科线人数均比上年翻一番，远远超过广州市和番禺区教育局下达的教学质量指标。广州市人民政府督导室蔡婉主任在检查学校工作后高度评价禺山高级中学“发展快，潜力大，后劲足”。
该校还充分利用设备优势、师资优势和社会优势， 2000 年申办“艺术教育特色学校”， 2001 年经上级主管部门批准招收第一届艺术特长生， 2002 年正式申报《创建艺术教育特色学校的理论与实践》课题， 2003 年首届高考艺术考生上线率 100% ，录取率 100% 。 2004 年第一个艺术特长班 60 名学生参加高考，上重点提前批 15 人，本科以上 40 人，占 66.7% ，上专科以上的 100% 。第二届特长生参加艺术高考，截止 4 月 25 日，已有黄智勇等 3 位同学收到了清华大学美术专业的合格证书，简瑜等 2 位同学收到了中央美术学院的专业合格证书，梁睿同学收到了浙江大学美术（书法）专业的合格证书，有周锦锋等 22 位同学收到了广州美术学院的专业合格证书，有刘珊等 30 多位同学分别收到了天津美术学院、四川美术学院、景德镇陶瓷学院、北京师范大学、北京服装学院、湖南大学等高等院校的专业合格证书。该校教师因材施教，硕果累累，特色一流，闻名遐迩。学生参加各级艺术表演和写作、书画竞赛硕果累累：舞蹈《搏》获中央电视台第四届全国校园春节联欢晚会节目征集评选活动三等奖和“广州市第八届学校舞蹈节”一等奖；在元旦前结束的第四届“中国音乐金钟奖”艺术展演比赛中禺山高级中学艺术团被评为优秀艺术团，七个参赛节目，四个获得一等奖，三个获得二等奖。
