菏泽市第二人民医院是一家拥有300余位员工，其中包括56名高级技术人才的医疗机构，开放床位达到260张。医院的科室配置完善，涵盖了临床与辅助两大类别。
临床科室包括内科、胸外科、普外科、泌尿外科、骨外科、神经外科、妇产科、小儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科和疼痛科，为患者提供了全方位的医疗服务。辅助科室则设有手术室、重症监护室、CT室、病理科、放射科、检验科、特检科、药剂科以及内窥镜室，确保了医疗服务的高效运行。
医院配备了一系列高精尖设备，如德国西门子CT、日本奥林帕400全自动生化分析仪、美国GE彩超等，固定资产总额已达到2539万元。与北京协和医院、上海华山医院和山大齐鲁医院等国内知名医院建立了技术合作，提升了医院在胸外、普外科、骨外科、神经外科和妇产科等领域的技术实力。
医院在肺癌、食道癌、乳腺癌、胃癌等常见疾病手术方面具有显著优势，同时在复杂骨折治疗、关节置换手术、脑瘤摘除和微创手术等方面也处于全市领先。高难度手术如小横切口剖腹产、妇科肿瘤切除等在菏泽医疗领域独树一帜，多项技术填补了本地空白，为患者提供了优质的医疗服务。
菏泽市第二人民医院（菏泽市创伤医院）是一所大型综合性医院，是经政府批准的全市唯一警医共建的市创伤医院，同时还是菏泽医专教学医院、菏泽市城镇职工基本医疗保险定点医院、菏泽市工伤保险协议单位，是经省政府批准的菏泽市法医鉴定唯一复核医院，菏泽市新型农村合作医疗定点医院、菏泽市城市医疗救助定点医院。多次获得“山东省卫生系统先进单位”、“菏泽市双文明单位”、“菏泽市行业作风建设先进单位”等荣誉称号。