一、两者适用人群不同
公务护照主要颁发给各级政府部门副处级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。公务护照又分为公务护照和公务普通护照，公务护照有效期最长不超过5年。
公务普通护照由外交部、中华人民共和国驻外使、领馆或者外交部委托的其他驻外机构以及外交部委托的省、自治区、直辖市和设区的市人民政府外事部门颁发给中国各级政府部门副县、处级以下公务员和国有企事业单位因公出国人员等。
二、两者颁发方式不同
公务护照经外交部授权，各省、自治区、直辖市人民政府外事办公室，各计划单列市、经济特区和沿海开放城市人民政府外事办公室负责颁发，并办理上述因公护照的各类手续。
公务普通护照，又称因公普通护照。因公普通护照一般发给国家派出的研究生、留学生、访问学者和工程技术人员等， 这种护照由外交部或地方外办颁发。
扩展资料：
公务普通护照颁发对象：
1、党政机关副处级以下因公临时出国人员。
2、除外商独资企业、私人企业以外的各企业、事业单位从事经贸、科技等活动的人员。
3、参加各种非政府间国际学术组织和国外学术团体举办的学术会议的人员，及参加中外学术团体、教育机构间互访的人员，单位派往国外讲学、任教和工作的人员。
4、民间组织的出国人员。
5、新闻机构出国人员。
6、出国演出或举办展览的人员。
7、出国参加比赛或训练人员。
8、国内远洋公司海员。
9、从事对外经济援助的人员。
10、常驻国外民间机构的人员。
11、到国外进修的中科院和工程院的院士、高等院校的校长、副校长及相当这一级别的人员（其余公派留学人员原则上持用因私护照）。
12、为执行科技合作协议，并持有《执行科技合作协议出国合作研究、进修人员登记表》（KW121表）的出国进修人员。
13、颁发护照机关认为需持因公普通护照的人员。
参考资料来源：百度百科-公务护照
参考资料来源：百度百科-公务普通护照